在蕩平倭寇的最后幾年中，戚繼光因為戰功卓越，升任為都指揮使。與此同時，倭寇變得更加的狡猾而且行蹤飄忽，針對這些情況戚繼光用他的智慧創造了對付倭寇的獨特戰術和陣法，他率領他的戚家軍在福建境內一次次挫敗試圖反撲的倭患，直至完全蕩平東南沿海的倭寇。這其中更讓我們再一次領略到戚繼光文武兼備的風采，尤其是那些變幻莫測的計謀。真不愧“一代儒將”的美名。公元1562年戚繼光被調往福建平倭。這一年的農歷7月，他率領6000戚家軍，從溫州的平陽披荊斬棘，穿越300里的偏僻小路，進入福建。侵擾福建的倭寇，主要集中在橫嶼、牛田和林墩三個據點。橫嶼是倭寇的大本營，而倭寇的頭目則在林墩扎營。

8月，戚繼光決計先破橫嶼，再乘勝破牛田，最后搗毀林墩的寇巢。橫嶼是寧德縣城東北的一個小島，離岸十里，四面皆水路險隘，島上建有木城，周圍還構筑許多堅固的防御工事，1000多名倭寇結營于此，憑險據守。附近的寧德、福清還有1萬多名倭寇，他們互相應援，很難對付。戚繼光先命張諫、張岳在橫嶼西、北陸上布陣，防止倭寇上岸；又命張漢水師在橫嶼東部海面游弋，防止倭寇從海上逃竄；同時，戚繼光采用“硝枝弱干”的辦法，先發兵進攻橫嶼對岸的張灣，并張貼告示實行招撫，迫使1000多名倭寇的脅從分子繳械投降。接著戚繼光揮師東進，直攻橫嶼。從海岸到橫嶼，中間連著一處淺灘，漲潮時灘沒水中，一片汪洋，落潮時水退灘出，又是一片泥濘，極難通過。但這些對于勤于動腦、善于創造的戚繼光來說是不算什么的。經過研究戚繼光想出了一個好辦法來克服這種特殊的環境。

一個清晨，戚繼光命令士卒每人背一捆草，把草鋪在淤泥上匍匐前進，每個士兵都帶上草束，乘著落潮，鋪在泥灘上，匍匐前進，這樣他們就順利的渡過了這片泥濘的淺灘。戚家軍奮勇沖上小島后，有的施放鳥銃，有的挽弓射箭，有的投擲標槍，有的揮舞狼筅（狼筅，用長竹竿做柄的武器，前部留有密枝，梢部裝有利刃、腰刀，同倭寇展開了肉搏戰，不到半天工夫，橫嶼倭寇被殲無遺。中秋過后，戚繼光又率領軍隊南下福清，直指牛田。牛田在福清縣城東南30里，靠近海邊。它與周圍的杞店、上薛、西林、木嶺、新塘等據點連成一氣，絡繹30多里，勢若長蛇。面對這種局面，為了麻痹敵人，戚繼光又游刃有余的運用起了兵法戰術。

他有意當眾聲言：“我軍遠道而來，需要先休整一些日子，養精蓄銳，再待機而動，不是朝夕之間就能出師擊敵的。”倭寇打聽到這個消息，果然毫不戒備。可是就在第二天晚上，乘著天黑沒有月亮，戚家軍悄悄地從錦屏山開拔，快速奔襲杞店，將熟睡的倭寇斬殺殆盡。接著，他們回師錦屏山，見有一隊倭寇前來襲營，又設下埋伏，把敵人全部消滅了。然后，戚家軍乘勝出擊牛田、上薛等地的倭巢，戚家軍喊聲如雷、氣勢如洪。斬殺、俘虜了大批倭寇，殘余倭寇紛紛向興化逃竄。戚家軍在福清稍適休整，九月中旬又開始了新一論的進攻，向興化府城（今福建莆田縣）挺進，準備攻取城東20里的林墩。戚繼光是一個極具智慧且善于用兵的將領。入城后，戚繼光表面上閉口不談戰事，從容的拜客、赴宴，暗地里卻布置士兵抓緊時間休息，準備隨時出擊。

到了半夜，他發出命令，搖響銅鈴，把軍隊迅速集合起來，悄悄地開出城外，準備對林墩進行一次夜襲。不料，向導是個通敵分子，把他們引到一條溪水縱橫，泥濘遍地的小道上。等他們逼近林墩，東方已經發白，他們的行動就被倭寇察覺了。倭寇馬上進入防御工事，布置防守，并出動部分人馬繞到戚家軍的背后，兩面夾攻。戚家軍腹背受敵，處境險惡，一時陣腳大亂，士兵紛紛往后退縮。

在這千鈞一發之際，戚繼光站在路口，鎮定自若地發出進攻號令，并手刃退縮的14名部下，以嚴肅軍紀。將士又鼓起百倍的勇氣，奮力往前沖殺。倭寇漸漸支持不住，四散潰逃。戚家軍連克敵人60余營，斬殺倭寇960人，活捉倭寇大小頭目13人，還有1000多名倭寇在潰逃時落水淹死。天明，興化府城的居民扶老攜幼，殺牛備酒，出城十多里，夾道歡迎凱旋而歸的戚家軍。