徐樹錚趁陳毅招撫外蒙失利，西北籌邊使、西北邊防總司令徐樹錚，從其手中奪過了談判大權。鑒于外蒙王公不掌握實際力量，徐樹錚改變了陳毅倚重王公、忽視喇嘛的做法。決定“擒賊先擒王，王公可暫從冷淡，一意向喇嘛市好”。時任外蒙“總理兼內務長”的上層喇嘛巴特瑪，成為徐樹錚“攻堅”的重點。

徐樹錚手握皖系段祺瑞的唯一嫡系部隊“邊防軍”，很自然地選擇了以武力威懾為主要手段(有學者認為，當時外蒙的實際可用兵力，不過數百人)。1919年11月13日，徐樹錚帶領手下軍官，到巴特瑪家中，下達最后通牒：“外蒙為國家領土，我為外蒙長官，有彈壓地方之責，不能坐視。請往告活佛，明日速應則已，不應當即拿解入京，聽政府發落。”巴特瑪驚懼之下，連夜求見活佛，“痛陳厲害，繼之以泣，佛感悟，遂允撤治”。但是活佛不能同意陳毅偏袒王公的63條善后條例，要求另商條件。

11 月14日，徐樹錚向巴特瑪出示了改定后的8條善后條例，要其簽字。他要求外蒙先行撤治，隨后再議具體條件。這一次，徐樹錚的通牒更為嚴厲：“禍蒙之罪，不在佛而在喇嘛。寬限一日，夜晚定須解決，否則拿解者不止一佛，執事雖老，亦當隨行?！卑吞噩斒趾ε拢?5日召集王公喇嘛大會。因畏懼徐樹錚所率的一旅邊防軍，會議同意撤治。11月22日，徐世昌發布大總統令，正式公布外蒙撤治。

徐樹錚雷厲風行，在20余天內實現了外蒙撤治，在當時獲得了國人的熱烈稱贊，連作為政敵的孫中山，也致電徐，說他是“當代班超”。不過，徐的武力威懾，也埋下了隱患。如論者謂，“自徐樹錚被任為西北籌邊使后，對待蒙人，一主嚴厲，大失外蒙人心，其敦勸外蒙之取消自治也，且以強迫之手段出之，外蒙雖一時懾于徐之兵威，不得不俯首相從，但外蒙活佛王公喇嘛等則多有欲待機而動者”。

直皖戰爭后，徐樹錚下野。蒙古王公、喇嘛再次要求恢復自治，并不惜向日本借款600萬元，勾結謝米諾夫部屬恩格。1921年，恩格攻陷庫倫，建立“外蒙古獨立政府”，依舊以活佛為首領。中國政府雖任命了張作霖為蒙疆經略使，負責平定外蒙;但張志在關內，根本無意出兵。稍后，蘇俄政府提議和中國一同出兵，消滅盤踞外蒙的沙俄余黨。要求被拒絕后，蘇俄徑自以幫助中國平亂為借口，出兵外蒙，驅逐了退守恰克圖的中國軍隊，又擊敗恩格所部，占領庫倫。1921年7月，蘇俄扶植的“蒙古人民革命政府”宣告成立。

綜而言之，徐樹錚收復外蒙之功，有著特殊的歷史背景，并不意味著北洋時代中國國防力量有何可觀之處。至于其過，則是純以武力逼迫，埋下了外蒙復叛的隱患。一旦蘇俄恢復實力，外蒙遂又被其控制。