李自成死在哪里？李自成兵敗以后結局如何？自清初以至現在，只就死地和終年來說，已知的至少有14種說法，歸納起來，可以分為兩大類：第一類說李自成死于兵敗之后，第二類說李自成兵敗之后削發為僧。那一代闖王李自成兵敗后究竟被誰所殺呢？

中國社會科學院歷史所研究員，中國明史研究會副會長林金樹和他的同事楊志清認為，李自成自率輕騎掠食，為村民所困，“不能脫，自縊而死”，或被鄉民殺死，或入廟為賽會山民擊死。這是所有史料記載中最普遍，也是最模糊的說法。

林金樹稱，在記錄李自成死事的問題上，《明史·李自成傳》，選材最佳，立意最巧，自殺與他殺并存。它歷時多年，經多人之手，反復修改，非為“撰寫草率”，而是極為用心，絞盡腦汁。但由于對李自成之死一事心存疑慮，把握不定，結果弄得矛盾百出，不能自圓其說。他還說，生于天啟五年(一說天啟六年)的四川新繁(今成都)人費密，在其著作《荒書》中，對李自成的死時、死地、過程、殺李自成的兇手及其受獎的情形等，都有非常清楚的記載。據載費密“年近六十，始成此書”。由此推算，《荒書》當成于康熙二十四年(1685年)的前幾年。現存的有光緒戊申(1908年)怡闌堂校刊費氏遺書本。

書中記載：清兵追李自成到湖廣，李自成的軍隊還有三萬人，由其他將領統率，從興國州到江西。李自成親隨十八騎，從通山過九宮山。山民聽到消息，將十八騎打散。李自成獨行至小月山牛脊嶺，被山民程九伯發現，兩人開始搏斗。程九伯向金姓外甥呼救，李自成被金姓外甥鏟殺。但不知道他就是李自成。

此書對李自成死事的記載，疑點極多，最主要的是兩個問題：1、既然有殺死李自成的程九伯這個兇手，又有告密的，又在小月山牛脊嶺(通山縣九宮山的一部分)，何以會找不到尸首？如果承認李自成的尸首已朽不可辨，或是尸首多難以查找，或是被起義軍自己收理，則所謂“縣官親入山，諭以所殺者流賊李自成”一事，純屬子虛烏有。2、程九伯殺死的究竟是誰，這是全部問題的要害所在。有關方志資料的記載，經歷了一個變化過程，被程九伯殺死的人，由李闖→李自成→李延。

據此，林金樹認為，李自成殉難于通山九宮山，雖有一些史料記載，但多互相矛盾，特別是一些關鍵性的問題缺乏說服力，又無任何文物可以印證，需要今后進一步探討。

他說，“程九伯殺死的是李延，不能確定是李自成。目前，包括‘奉天玉大和尚就是李自成’在內的各種說法都缺乏確鑿的證據，根據我的研究和到現場考察的結果，我認為李自成死于通城縣的可能性要大一些。”

中國社科院歷史所“李自成結局問題課題組”負責人王戎笙認為，李自成領導的農民起義軍先后在山海關、潼關大敗之后，于順治二年正月撤出西安，向湖廣轉進。從內鄉、鄧州、承天，直到武昌，被清軍八旗勁旅窮追猛打，屢戰屢敗。復從武昌沿長江水陸兩路兼程潰逃，在富池口及九江上游被清軍追及，又遭到毀滅性的打擊，損失慘重，艦船全部喪失。四月間，李過率領的另一支由陜西撤退下來的部隊，向東南方向轉進時受阻于荊州當陽一帶，與李自成分兩路撤離陜西后沒有會師。四月下旬在九江戰敗后，李自成親自率領大約萬余人的一支小部隊，被清軍八旗勁旅緊追不舍，一直追到九宮山區。李自成率少數親隨突圍，遭到當地鄉勇伏擊，于清順治二年五月上旬遇害于湖廣興國州通山縣九宮山北麓，即今湖北省通山縣九宮山北麓。圍追李自成的清軍將領，有傳記可查的至少有九人，從其職銜推算，大約一萬余人。他也認為，“奉天玉大和尚不可能是李自成，說李自成沒有死在九宮山，歸隱于湖南石門縣夾山寺破綻太大。”