民間有傳說，早年這里有“異氣”。

在朱棣建塔前，這里曾有阿育王佛塔。崇佛的梁武帝蕭衍，于大同八年(公元543年)對塔作了改造，復建長干寺，易名長干塔。宋天禧年間，又改為天禧寺，后建圣感塔。元至元年間，再改為天禧慈恩旌忠寺，元末塔毀。梁武帝為什么要復建長干寺？其在《幸阿育王赦詔》中稱，時出現了異常天象，“月犯五車，老人星見”。

在塔建好后，頓現祥光。有詩“長干塔”稱：“十丈祥光起相輪，鐵浮屠鎮法王墳;只愁西域神僧至，夜捧長干剎入云?！卑⒂跫磋F輪王，傳說曾于一日一夜間，役鬼神造了八萬四千塔，此塔即是其中之一。此塔在梁武帝改造前，曾經多次重建。但自塔成后，這里就出現異氣，成為佛門寶地。

順便交代一下，2008年8月，因南京重建大報恩寺塔，“長干塔”的地宮被當作大報恩寺地宮而意外被發現，出土了一只高達1.3米的大鐵函。鐵函內發現了一座金光閃閃的鎏金七寶阿育王塔的塔剎部分。朱棣把報恩寺塔選擇在此，是否是這種考慮呢？這里也有一個傳說，朱棣“靖難起兵”前曾向馬皇后發誓，如果當上皇帝后，便建一寺塔報答。在兵渡長江時，江中忽然涌出一座寶塔，朱棣一驚，忽然想起了起事前的誓言。

在當了皇帝后第二天，出現了一起怪事，天禧寺突然發生了一場大火災。有人報信給朱棣，朱棣聽說后讓人不要救火，結果大火把寺燒得一干二凈?；饻绾?，朱棣命人把寺址上所有的灰燼雜物全部鏟凈，扔到長江里，在原址重新建寺建塔——此即大報恩寺和大報恩寺塔。從朱棣親自擬就的《御制大報恩寺左碑》看，朱棣的想法里還是考慮到這里“佛緣”的?！拜x煥一新，重造浮圖，高壯堅麗，度越前代，更名為‘大報恩寺’，所以祇靈迎貺，上資福于皇考皇妣……”

此后，大報恩寺塔也是異象不斷。如明孝宗朱祐樘去世后，17歲的朱厚照當了皇帝。朱厚照當皇帝頭一年(公元1506年)，多年平安無事的大報恩寺塔出問題了，讓雷擊壞了。時朝臣建議立即予以大修，但此建議遭到反對，有人認為這是不祥征兆，有警告新皇帝的天意?！睹魇贰ぴb傳》(卷185)記載了此事：“正德元年，雷震南京報恩寺塔，守備中官傅容請修之。鑒言天心示儆，不宜重興土木以勞民力，乃止?！?/p>