關于朱元璋葬在朝天宮的說法，至晚清代初年就有了。清初的王棠(字勿翦，其父為明崇禎間進士。)《知新錄》中云：“俗說朝天宮是明太祖葬處，此訛言也。帝王大度，斷不如是。元朝帝王無陵寢，其伎倆與瞞同。”王棠對當時明太祖葬在朝天宮的說法并不認同，當然，元朝帝王無陵寢是蒙古舊俗，說他們是學曹操(小名“阿瞞”)的伎倆是不對的。朱元璋葬在金陵朝天宮的說法雖然有人不信，但并不妨礙它繼續流傳，至少到清乾隆時期還有人相信這種說法，這要從清代著名學者全祖望的一首詩說起。

全祖望(1705-1755)字紹農，一字榭山。他十六歲時，出應鄉試，以古文謁編修查慎行。查慎行對他大為贊賞，認為他是劉原父(北宋史學家劉敞)一類的人物。十九歲時，他由督學王蘭生推選入京，上書待郎方苞，議論喪禮。方苞驚嘆他博學，替他宣揚，由此聲譽大起。雍正十年(1732)全祖望參加順天鄉試，得中舉人。戶都待郎李紱見了他的文章，贊賞道：“這是黃震、王應麟以后第一個人才啊！”邀請他到自己家中同住。乾隆元年(1736)他被推薦參加博學鴻詞科，考試尚未進行，他就參加禮部春試，中了進士，選在翰林為庶吉士。他在翰林院與李紱一起攻讀秘藏的《永樂大典》，甚是投契。

因大學士張廷玉與李紱交惡，嫉李、全相善，兩年散館時，他被列入最下等，以知縣候選。他一怒之下辭官回到家鄉寧波，著述授徒，從此絕意仕進。乾隆六年(1741)李紱典試江南，全祖望到南京去拜訪他。全祖望的這首詩《從朝天宮謁孝陵》應是這時寫成的：

鐘阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功圣德碑。

開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人為弼違。

全祖望自注云“世傳高皇帝龍蛻在是宮不在陵也”，說明他是知道朱元璋葬在朝天宮的說法的。他說“玉匣珠襦”之地即朱元璋遺體葬處難以尋到，還責備朱元璋嗣孫朱允炆學曹操之子曹丕，為先人制作疑冢，說明他是同意朱元璋葬在朝天宮的說法的。

另外，全祖望《題明太祖紀后》自注云：“是日以阻風，因游孝陵，歸而賦此。”此詩應是他欲從水路離開南京，因風浪太大沒有成行而順便游孝陵后所作。

詩中有“聞遣車徒卜函谷，悔教弓劍瘞長干”之句，說的是朱元璋曾遣太子朱標到長安考察形勢，有遷都的打算，可惜朱標回來后一病不起，遷都也最終沒能實現，這是朱元璋應該后悔的。詩句中以“函谷”指代長安，以“長干”指代南京，用“長干”可能是因為其地距朝天宮不遠的緣故。

清嘉道年間的南京著名藏書家甘熙對朱元璋葬在朝天宮的說法提出了質疑。甘熙(1797-1857)，清道光十九年進士，一生勤事纂述。同光以前私人寫志之風已盛，甘熙之《白下瑣言》尤負盛名。《白下瑣言》的成書，前后達四十年左右的時間，為甘熙與同里金鰲、朱緒曾等一起收輯鄉邦文獻而成。書中除記錄嘉道年間甘熙所目睹耳聞的故實，“乃祖乃父，舊有聞知”也在載錄之列。《白下瑣言》云：“朝天宮，宋為天慶觀，元為元妙觀，又改永壽宮，明初賜今額。明時，百僚朝賀習儀于此。世傳三清殿下為明祖真葬處。”

甘熙認為，朱元璋死后葬于孝陵是正史上明確記載的，況且按常理來說，朱元璋親自選定陵址，修建陵墓工程浩繁，動用銀兩過百萬，前后建造數十年，豈能都是為馬后一個人打算的？建文帝天性仁孝，又怎么忍心把太祖遺骸置于渺不可知之地呢？群臣難道沒有目擊這件事的嗎？

對于一切都是朱元璋遺命的說法，甘熙與上文王棠“帝王大度，斷不如是”的看法相似，認為明太祖朱元璋是從一介布衣打天下當上皇帝的，開宗立統，不免事事猜忌，這和漢高祖劉邦是相同的，但絕不是曹操那樣的奸竊之流，不會師法曹操故布疑冢的伎倆。不管人們對朱元璋葬在南京朝天宮的說法信與不信，這個說法一直在民間流傳著。