1085年，神宗去世，皇太子趙煦即位，改元元佑。從此，太皇太后高氏垂簾聽政，掌握大權達8年之久。

哲宗登基時，只有10歲，由高太皇太后執政。高太皇太后執政后，任用保守派大官司馬光為宰相，“凡熙寧以來政事弗便者，次第罷之”。司馬光上臺后，不顧一切盡罷新法(熙寧變法)，“舉而仰聽于太皇太后”。宋哲宗對此感到不滿。

元佑八年(1093年)，高太皇太后去世，哲宗親政。哲宗親政后表明紹述，追貶司馬光，并貶謫蘇軾、蘇轍等舊黨黨人于嶺南(今廣西、廣東、海南)，接著重用革新派如章惇、曾布等，恢復王安石變法中的保甲法、免役法、青苗法等，減輕農民負擔，使國勢有所起色。次年改元“紹圣”，并停止與西夏談判，多次出兵討伐西夏，迫使西夏向宋朝乞和。元符三年正月十二(1100年2月23日)病逝于汴京(今河南開封)。

哲宗是北宋較有作為的皇帝。不過在新黨與舊黨之間的黨爭始終未能獲得解決，反而在宋哲宗當政期間激化，多少造成朝廷的動蕩。

哲宗親政后，召回章惇，章惇曾是神宗變法時的重要人物，他上任后，力圖改革，使宋朝煥發出前所未有的生機。

章惇，字子厚，浦城人。他博學善文，考進士時，其名次在侄子章衡之下，深以為恥，在競爭異常激烈的情況下居然再次參考。一次，章惇與蘇軾外出游玩，走到一個深潭邊，見潭下臨萬仞絕壁，有根木頭橫在上面。章惇請蘇軾到絕壁上去題字，蘇軾見絕壁下深不見底，當即搖頭，連說不敢。章惇卻從容地吊下繩索攀著樹下去，在壁上大書：“蘇軾章惇來。”上來后竟然是面不改色，神采依舊。蘇軾拍拍他的肩膀說：“君他日必能殺人。”章惇問為什么，蘇軾說：“能自判命者，能殺人也。”章惇聽罷，哈哈大笑。

熙寧初，章惇得王安石賞識，被委以要職。后來，高太后和司馬光廢除新法，章惇與他們的沖突就越來越激烈，甚至還與司馬光在高太后簾前爭論，言辭極為尖銳。高太后大怒，劉摯、朱光庭和王巖叟等人趁機上奏指責章惇，章惇被貶出朝廷。

新黨對舊黨的報復性打擊與哲宗的鼎力支持是分不開的。哲宗不滿司馬光的“以母改子”，不滿元佑舊臣早年對他的冷落，更不滿高太后對他的種種壓抑，因此，對舊黨的仇恨心理不亞于元佑時被打擊的新黨。紹圣初，逢郊祀大禮，朝廷要頒布大赦詔令，通常連死囚都免去死刑。有大臣請示哲宗，可否赦免貶謫的舊黨官員，哲宗回答得極為干脆，說決不可以。

紹圣四年(1097)，有人建議讓謫居嶺南的劉摯等人“稍徙善地”，以“感召和氣”，哲宗卻說：“劉摯等安可徙！”連在嶺南附近做些調動也不允許。而對于王巖叟，哲宗指責他當初貶蔡確時，實際上是將矛頭對準自己，用心極險惡，也就更加痛恨他。哲宗的這些言行相當于宣判了舊黨人政治上的死刑，至少在哲宗統治時期，他們永無翻身之日。事實上，在哲宗初年，新黨和舊黨在變法的態度上都有所轉變(司馬光除外)。

如蘇軾在給朋友的信中就表露出對神宗變法初期他的一些偏激言行的反思和自責，認為新法是有一定效果的。新黨中章惇等人也曾指出新法中有許多弊端需要改正。

兩派都看到了新法的利和弊，假如執政者能調和兩派矛盾，消弭沖突，因勢利導，北宋的政治或許會有轉機。但很不幸的是，高太后的垂簾和司馬光的上臺使得黨爭激烈化，導致了紹圣后哲宗和新黨的反撲，甚至連哲宗的孟皇后也不能幸免，成為黨爭的犧牲品。