“史書“說

“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后尸于火中“。

(在燕兵攻陷京師后，朱允炆)“遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，還白上，上哭曰，果然，若是癡呆耶！“

朱棣登位后在給朝鮮國王的詔書上亦曰：“不期建文為權奸逼脅，闔宮自己焚燃“(《明實錄·太宗實錄》。

“棣遣中使出后尸于火，詭云帝尸，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。“

“上入宮，忽火發，皇后馬氏暴崩，程濟奉上變僧服遁去。燕王遂入宮。因指燼中后骨以為上！“。

“出家為僧“說

(一)湖南新田大觀堡說

湖南永州新田縣發現明代遺址大觀堡，該古城堡工程規模宏大，建筑面積7000平方米，石頭壘成的堡壘周長346米，城墻殘高4米左右，疑為建文帝避難行宮。后經部分文物和史學專家多方求證，認為建文帝極有可能避難新田，中國明史學會會長商傳認為“建文帝蹤跡永州(新田)說出來最晚，但材料最硬”，““在全國多處出現的建文帝‘下落說’中，有的是傳說，有的只有族譜，而只有新田縣有相關碑刻”，“使建文帝研究向前推進了一大步”，“成為關于建文下落的一種很重要的說法”.

該說主要的證據有(不完全統計)：

1、龍池寺遺址碑刻記載“夫山曰安曇寺曰龍池”、“自大明皇朝先師鐵峯悟真流亡”、“剃本靖為僧‘燕師’”等;梅木塘碑刻記載“圣帝之壽誕，為同人之嘉節，首士齊集虔誠致祭……誓詞惟皇上御極之年歲次月日等謹以……二帝神位前曰，惟二帝職司陰鑒”等。

2、大觀堡遺址

3、其他文物：象牙朝笏;道教神仙人物長卷畫;

4、《史氏族譜》記載

(二)東明寺說

萬歷《錢塘縣志·紀制》記載：“東明寺在安溪大遮山前，建文君為僧至此，有遺像“。(《杭縣志稿》卷八)“相傳朱允炆遁跡至此，時旭日始旦，題曰東明。自歸國后，方知為帝。今范其遺像。有手植牡丹，色白如銀“。明代嘉靖年間《留青日札摘抄》、清代康熙年間《湖堧雜記》中也都有記載。

據2010年12月7日，余杭縣史志辦張炳林先生從上海圖書館發現《東明寺志》，翻開第一頁，上面寫著“東明寺志敘“五個大字。《東明寺志》(三卷)清釋湛潛篡，清康熙十二年(1674年)版本。寺志中是如此記載：“迨壬午金川變作，啟篋得楊應能度牒及披剃具，佛知運數巳定，乃僧服出遜，由吳興至錢塘遁棲東明山，親灸旵祖座下，凡六載，跡漸彰乃辭去。“由此可見，朱允炆到東明寺出家為僧不是空穴來風，是確有其人其事。

當年眾僧們皆尊稱朱允炆為“應能問道老佛“，寺志中還特地將“應能問道老佛“排列在祖師堂的第二位置，僅次于東明禪寺的開法祖師慧旵，明白無疑確定了東明禪寺與朱允炆之間的密切。其中還披露了二個重要信息：所謂“靜室“一是當年東明寺開法禪師慧旵禪師的閉關之處，二是朱允炆在東明禪寺出家為僧的居所，這是初聞。

東明寺大雄寶殿內右側有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下對聯：僧為帝，帝亦為僧，一再傳，衣缽相授，留偈而化;叔負侄，侄不負叔，三百載，江山依舊，到老皆空。

朱允炆親手植之桂花，經過日寇焚燒，僅剩樹干。但大難不死，第二年又綻新枝，現枝高葉茂，秋季花開，香溢四野，且金銀雙色各半，傳為奇談佳話。

孟將殿，原有座小廟現已毀，不知是否屬實？民間稱之“罵將殿“。相傳明成祖派一位朱允炆當朝時的武狀元出身將軍追殺朱允炆。追至東明山，朱允炆痛斥其助紂為虐。他進退兩難：遜帝有恩，今上難違。回京又無顏復命，終而自殺。因該將軍姓孟，后人建孟將軍廟以資紀念。