和年羹堯的飛揚跋扈不一樣的是，隆科多知道自己在雍正的即位過程中扮演了一個極其重要又說不清道不明的角色，正如后來他自己所說，“白帝城受命之日，即是死期已至之時”。這句話頗費思量。或許隆科多知道自己在最高權力轉移過程中起到關鍵性的作用，雍正也許先會感激他，但權力穩固后，隆科多的死期也就到了。因此，隆科多在雍正即位后，盡量夾起尾巴，低調做人。

后面事態的發展也正如他所料。雍正即位后，便命隆科多與怡親王胤祥等四人為總理事務大臣。隨后，雍正又將其父佟國維在康熙朝獲罪被革的公爵還給了隆科多，并親自下令稱隆科多應稱“舅舅”，以后的政府公文中，凡遇到“隆科多”三字，前面都要加“舅舅”二字，這種做法實在是前無古人，后無來者。

隆科多在兼任步軍統領的同時，雍正后又命他作吏部尚書并兼管理藩院。應隆科多的請求，雍正又任命他為《清圣祖實錄》和《大清會典》的總裁官。后來，雍正還曾賜隆科多雙眼孔雀花翎、四團龍補服、黃帶、鞍馬紫轡等，可謂榮耀之至了。不僅如此，雍正公然的恭維說：“舅舅隆科多這人，朕先前未能深知他，真正大錯了。此人真圣祖皇考之忠臣，朕之功臣，國家之良臣，真正當代第一超群拔類之稀世大臣也！”

對此，隆科多似乎并不以為然，他知道雍正不可能一直信任自己。雖然隆科多也貪得無厭，他在吏部的時候，照樣納賄賣官，時稱“佟選”(和年羹堯的“年選”相對應)。但是，隆科多老奸巨猾，給自己留了一手。他怕雍正抄家，便早早的把家里的財產給轉移到自己的親友家里。雍正二年(1724年)，隆科多又主動提出辭去步軍統領的職務，似乎懂得自我謙抑的道理。

但有時候做人太聰明了也不好。雍正顯然知道隆科多的用意。假如雍正當上皇帝真的是不明不白，那他對那些有功之人和知情人在開始的時候一定會采取安撫政策，兌現各種賞賜以封住他們的口，等到雍正地位穩固后，必然要置這些人于死地而后快。這很容易理解，皇帝也怕被要挾，他們的擔憂和恐懼甚于常人。想必雍正心里也清楚，“世界上只有一種人可以保守秘密，這便是死人”。既然隆科多主動請辭步軍統領一職，那大家就干脆撕開面紗罷！

年羹堯被打擊的時候，隆科多也同時挨整，只是結案在后。雍正三年(1725年)五月，雍正便發動群臣譴責隆科多;當年六月，年羹堯的兒子和隆科多的兒子同時被懲。雍正四年(1726年)正月，隆科多被派往蒙古和俄國談判疆界問題。本來隆科多在談判中表現強硬，但后來卻發生了“玉牒”之案，導致隆科多被召回，替換他的策凌在隨后的談判中做了很大讓步，在后來的《布連斯奇條約》和《恰克圖條約》中將貝加爾湖一帶和唐努烏梁海以北地區，這些原屬于當時大清帝國的領土(本是蒙古人游牧的地區)，劃入了俄國的版圖。這不得不說是雍正的失策。

所謂“玉牒”案，是指隆科多私藏了記載皇家宗譜的玉牒，這玩意非常之神圣，“除宗人府衙門，外人不得私看，雖有公事應看者，應具奏前往，敬捧閱看”。由此，雍正以“大不敬”之罪開始整肅隆科多。雍正四年(1726年)十月，隆科多被定41項大罪。雍正說，隆科多本應處斬，看在他是先帝駕崩時惟一承旨人的份上，姑且饒他不死，就將他圈禁在暢春園的附近，讓他在先帝的院外閉門思過罷！

雍正六年(1728年)六月，隆科多死于禁所，雍正給他發放了喪葬費，待遇比年羹堯要強許多。如此看來，雍正似有隱情。如有隱情，隆科多則必為知情人。

所以說，隆科多的死，其實是因為他自己說不清。他說不清自己在雍正即位的過程中到底發揮了什么作用。如果說是決定性作用的話，那就更加死定了----沒有那個皇帝愿意承認自己的皇位是靠某個下屬得來的。隆科多若是忠誠的執行了康熙的遺詔，尚且不得活;如果是改詔的話，哪里還會有他的活路呢？怪不得隆科多說自己白帝城受命之日，即位死期開始之時。看來，是康熙把他給害苦了。