鄭成功進(jìn)入臺(tái)灣時(shí)，清朝隨即施行一道對(duì)鄭家極具殺傷力的“遷界令”。這個(gè)堅(jiān)壁清野的策略實(shí)施得非常徹底，目的是讓鄭成功糧餉物資來(lái)源枯竭，最后迫使其山路五商、海路五商無(wú)法經(jīng)營(yíng)。少了海外貿(mào)易收入支應(yīng)軍費(fèi)，經(jīng)濟(jì)越來(lái)越困頓，鄭氏只好在臺(tái)灣努力開拓耕地、發(fā)展農(nóng)業(yè)，但農(nóng)業(yè)收入遠(yuǎn)不如海上貿(mào)易，鄭家終究無(wú)法再與清政府相抗衡了。

提出高見(jiàn)策略的是原鄭成功陣營(yíng)將領(lǐng)黃梧，他在清政府對(duì)鄭成功部屬提出優(yōu)厚的招降條件時(shí)，獻(xiàn)出鄭方重要基地海澄(今福建龍海市)投降。因黃梧熟知鄭軍內(nèi)情，向清政府指出：“鄭成功之所以能夠守金、廈彈丸之地與清政府對(duì)峙，是因有沿海人民接濟(jì)糧餉、油、鐵、船。”此一建議果然重重打擊了鄭家命脈。

黃梧投降清朝后，招降鄭方官員200多人、士兵幾萬(wàn)人，使鄭成功北上的計(jì)劃受阻，大大助長(zhǎng)了清朝的實(shí)力。康熙皇帝特別封他為海澄公，位居一等公，是明鄭降將中職位最高的，子孫可享有世襲12代的賞賜。

1662年趕走荷蘭人后，年僅39歲的鄭成功病逝臺(tái)灣，遺命竟是賜死兒子鄭經(jīng)，他的驟逝引發(fā)鄭氏內(nèi)部權(quán)力出現(xiàn)真空。

鄭成功的部將黃昭在臺(tái)南擁立其同父異母的弟弟鄭襲，繼位為延平王;在廈門的鄭經(jīng)則拉攏掌握海軍的都督周全斌，以正統(tǒng)自居;位于金門的元老重臣鄭泰(鄭經(jīng)堂叔)則持觀望態(tài)度，傾向與清方談判，甚至提出金門、廈門、臺(tái)灣三島，比照朝鮮成為朝貢國(guó)的辦法。

這時(shí)清朝康熙皇帝剛繼位，年僅8歲，大權(quán)掌握在鰲拜手中，一切還不穩(wěn)定的狀況下，清政府不想開啟戰(zhàn)端，不斷招撫廈門的鄭經(jīng);只要他愿意剃發(fā)，到北京請(qǐng)降，不但赦免違抗的罪責(zé)，還給予優(yōu)厚的爵位、從優(yōu)敘職。

鄭經(jīng)不想被招降，又擔(dān)心自身實(shí)力不敵清政府武力，于是假造人員、器械總冊(cè)，以準(zhǔn)備投降的姿態(tài)迷惑清方，并和清政府進(jìn)行談判;同時(shí)出兵臺(tái)灣打敗叔叔鄭襲，之后留下部將黃安掌理臺(tái)灣，自己回廈門。

回到廈門的鄭經(jīng)卻面臨被孤立和親信背叛的危機(jī)：一方面遷界令使廈門失去物資和情報(bào)的來(lái)源;另一方面，堂叔鄭泰因立場(chǎng)不同，被鄭經(jīng)幽禁后自殺，鄭泰的弟弟鄭鳴駿和兒子鄭纘緒因而帶著8000士兵及100艘船，向清將領(lǐng)耿繼茂投降;第二年，原本支持鄭經(jīng)的海軍都督周全斌、提督黃廷也投降滿清。

鄭泰事件發(fā)生后，鄭經(jīng)被施瑯和荷蘭的聯(lián)合部隊(duì)打敗，撤出金門和廈門，退守到漳州沿岸的小島銅山(今東山縣東山島)，他的部屬大多投降了清政府。1664年3月，鄭經(jīng)終于放棄福建沿海島嶼，撤退到臺(tái)灣，建國(guó)“東寧”，自稱“東寧國(guó)王”，為保有政權(quán)的合法地位并維系鄭成功舊部屬的向心力，仍繼續(xù)尊奉南明桂王的永歷年號(hào)，但不再有西征清朝的想法。