1271年，忽必烈定國號(hào)為大元，正式即位為皇帝，并開始實(shí)施南下攻打南宋的計(jì)劃。此時(shí)南宋占據(jù)著臨安等地，忽必烈極其需要一條通道，來把南方的糧食運(yùn)到北方。蒙古人作為騎在馬背上的游牧民族，一向慣于陸地作戰(zhàn)，他們向南方進(jìn)軍時(shí)，亦聰明地懂得如何利用海洋，他們不僅收納了背叛的南宋海軍，擁有規(guī)模龐大的海洋戰(zhàn)艦，大型的海洋貨船;還從利用海盜建立了從東南亞至波斯灣的海外貿(mào)易，以及一個(gè)穩(wěn)定的海上糧食運(yùn)輸系統(tǒng)。

長江出海口處有幾個(gè)島嶼，其中最大的一個(gè)為崇明島。崇明島四面環(huán)水，易守難攻，13世紀(jì)的時(shí)候已不受宋朝政府的控制，成為海盜的自由天堂。13世紀(jì)中葉，此地有兩個(gè)著名海盜：朱清和張瑄，他們率眾“嘯眾剽劫”，販賣私鹽，擄掠富商巨舶，最多時(shí)曾糾集海盜近千人，船只五百艘，活動(dòng)范圍南至通海，北至膠東半島和萊州灣，后被南宋招安。

1273年，朱清和張瑄背叛南宋，成為元水軍的重要力量，朱清被授予代理管軍千戶的武職。三年后，這兩個(gè)海盜接到了一個(gè)任務(wù)：運(yùn)送南宋庫藏。那一年，元軍攻占了臨安，南宋降臣建議丞相伯顏把南宋的庫藏，包括檔案、圖表、祭祀器具都運(yùn)送到當(dāng)時(shí)元朝的首都元大都來，以備修宋史時(shí)用。但當(dāng)時(shí)的淮東地區(qū)仍在南宋將領(lǐng)的控制之下，所以，伯顏想到了海道運(yùn)輸，他將此任務(wù)交給朱清和張瑄，并獲成功。

六年之后，通過大運(yùn)河運(yùn)到北京的糧食遲遲不到，而且內(nèi)河糧運(yùn)的運(yùn)費(fèi)昂貴，伯顏因而想起1276年經(jīng)海道搬運(yùn)宋室?guī)觳氐氖隆２亴⒋朔ㄉ蠄?bào)忽必烈后，忽必烈權(quán)衡了不同漕運(yùn)方案的利弊得失，決定采納丞相伯顏的建議，下令建造60艘海船，招募大量熟悉海上情況的船工、船員，任命朱清、張瑄為海道運(yùn)糧萬戶，負(fù)責(zé)海上漕運(yùn)。

1282年元朝政府的60艘平底船建造已畢，在朱清和張瑄的主持下，漕船在今天的江蘇省太倉縣瀏河裝糧，大船裝載1000石，小船裝載300石，60艘平底海船共裝運(yùn)漕糧4.6萬石。船隊(duì)離開港口以后，經(jīng)揚(yáng)州，過海門縣以東的黃連沙咀和萬里長灘，然后向西北航行，到達(dá)淮安、鹽城縣，再往北行，沿著漫長的海岸線一直北上，在今天的山東榮成地區(qū)折轉(zhuǎn)向西航行，到達(dá)登州古港，繼續(xù)西行進(jìn)入今天的海河口，整個(gè)航程歷時(shí)四個(gè)多月，所有糧食于1283年3月到京。數(shù)目雖不足觀，卻有了一個(gè)很好的開端——這次航行證明了海路運(yùn)輸糧食的可行性。當(dāng)時(shí)張晃為有一句詩“國初海運(yùn)自朱張，百萬樓船渡大洋”，就是形容當(dāng)時(shí)海上運(yùn)糧的情景。

出航成功使得元朝統(tǒng)治者對(duì)海上漕運(yùn)更加重視，至元二十年(1283年)，朝廷建造漕船2000艘，至元二十二年(1285年)，又增加了3000艘，全部投入漕糧運(yùn)輸。海運(yùn)漕糧的數(shù)量逐年增加，到了至元二十七年(1290年)，漕糧年運(yùn)量達(dá)到了159萬石。此時(shí)忽必烈正一心想入侵日本和占婆(今越南南部)，需要大量船只和水手，而且當(dāng)時(shí)元朝的經(jīng)濟(jì)力量還無法建造適合大量運(yùn)輸大宗貨物的平底船。所以他決定依賴商人和海盜來完成這危險(xiǎn)的海上航行。

他把組織人員運(yùn)糧的任務(wù)全權(quán)交給朱清和張瑄。兩人有選擇人員的權(quán)力，甚至不經(jīng)朝廷的批準(zhǔn)就可授予官職。13世紀(jì)80年代早期，建造一艘排水量在1000料(料為古代測舟船之載重單位)的大船的花費(fèi)，大約是100錠，而1000擔(dān)米的運(yùn)費(fèi)是170錠，利潤如此之高，海路商人們當(dāng)然不會(huì)錯(cuò)過時(shí)機(jī)。因此朱清和張瑄手下馬上聚集了鹽商、鹽工、船主，漁民、漕運(yùn)官員和水手幾萬人，兩人也邀請(qǐng)東南沿海的海盜加入。

這項(xiàng)政策給了商人巨大的利潤空間，鼓勵(lì)商人多方參與，最后糧食運(yùn)輸取得空前成功。半個(gè)多世紀(jì)里，海路都是元大都糧食供應(yīng)的主要途徑，到1341年達(dá)到了最高峰，運(yùn)送米的數(shù)量達(dá)360萬石，在中國的歷史上是空前的。