四輔臣于輔政期間做了不少有益的事，然而對處理滿漢關系，卻采取保守、倒退方針，在恢復祖制、首崇滿洲的旗號下，歧視漢官，使后者的積極性受到嚴重挫傷。當時，反清復明的戰火尚未完全平息，經濟凋敝，百廢待興。因滿臣還缺乏治理經驗，又不能與漢官密切合作，以致大大妨礙了國家機器的正常運轉，而一些投機分子逐步取得輔臣信任，為非作歹，更加重了問題的嚴重性。玄燁親政前夕，已是“學校廢弛而文教日衰”，“風俗僭越而禮制日廢”，地方、朝中弊端叢生。

玄燁年齡還小，對此自然難以應付，但政治經驗豐富的孝莊，卻不露聲色地密切注視事態發展，在繼續任用輔臣的同時，采取了一些防患于未然的措施。

康熙四年(1665年)九月初八日，稟照祖母慈諭，12歲的玄燁舉行大婚典禮，索尼的兒子內大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宮，遏必隆之女落選，成為皇妃。

在為孫兒擇立皇后時，孝莊舍去遏必隆之女，選中赫舍里氏，旨在防范鰲拜借鑲黃旗之女成為皇后之機，進一步擴大實力，同時也是針對主幼臣驕的情況，對清朝元老索尼及其家族予以榮寵的籠絡措施。

孝莊此舉還改變了皇太極和福臨時期，皇后莫不出自蒙古博爾濟吉特氏的慣例。這并不意味著忽視滿蒙貴族聯姻政策，而是從鞏固皇權、安定政局的現實需要出發，反映出這位杰出女性的戰略眼光與靈活策略。

康熙六年(1667年)七月初七日，玄燁“躬親大政”，輔臣“仍行佐理”。孝莊特為孫兒收權安排一過渡階段，以使他在實踐中逐步提高;同時也讓輔臣有個適應過程，將他們因交權而產生的失落感，減少到最低程度，從而保證此次權力交接穩妥進行。

可是，樹欲靜而風不止。康熙六年六月索尼去世后，鰲拜成為首席輔臣，遏必隆對他亦步亦趨，蘇克薩哈更加孤立。玄燁親政伊始，蘇克薩哈請求“往守先帝陵寢”，以期迫使鰲拜、遏必隆也辭去輔政。鰲拜為清除異已，獨掌輔政大權，竟羅織蘇克薩哈的“罪狀”，企圖將他置于死地。盡管玄燁堅決反對，但鰲拜等不肯罷休，一連七日強奏，竟將蘇克薩哈及子孫全部處死，并籍沒家產。

蘇克薩哈被清除后，鰲拜的權勢進一步擴大。他飛揚跋扈，“欺君擅權”，“文武各官盡出門下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，攔截章奏”。玄燁去海子(南苑)狩獵時，讓隨行的鰲拜奏聞祖母，鰲拜“乃不遵旨，反云皇上自奏”，全然不把玄燁放在眼中。他的種種行徑，已構成對皇權的嚴重威脅。至此，孝莊終于作出決斷，支持并指點孫兒擬定清除鰲拜集團的全盤部署。

此前，玄燁已開始廣泛求言，制造輿論，通過各種舉措，糾正輔臣的種種失誤與施政弊端，這使朝中人心振奮，玄燁威望日增，鰲拜逐漸孤立。與之同時，玄燁在身邊聚集起一批年輕的滿族貴族成員，索額圖即是其中的突出代表。索額圖為索尼之子，孝莊選中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族與清皇室的關系，也加強了正黃旗對皇室的向心力，并影響到鑲黃旗。索額圖對玄燁十分忠誠，在清除鰲拜集團的過程中，成為玄燁得力的助手。

清除鰲拜黨羽，排除了威脅皇權的潛在危險，踢開清朝向前發展的絆腳石后，玄燁真正掌握了清朝大權。他在“首崇滿洲”的原則下，著力改善滿漢關系，崇儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。短短幾年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，為其后平定三藩之亂，打下重要基礎。

鏟除鰲拜黨羽這場驚心動魄的政治較量，是玄燁君臨天下后，祖母對他的一次關鍵性指導與幫助。當時，玄燁年僅16歲，還缺乏足夠的智謀與經驗。若無祖母的指教，他很難在親政后第三年，便一舉鏟除這一把持朝政多年、勢力頗大的宗派集團，穩妥、徹底，不留后患。顯然，鰲拜集團存在時間愈長，對清朝的危害愈大，勢必積重難返;如果玄燁的治國方針受到阻撓，三藩之亂將更加曠日持久，康乾盛世的出現也會大大推遲了。