秦始皇有多少子女，秦始皇死后這些子女下落如何，幾千年來，一直沒有人能說清楚，見于史書有名可考的秦始皇子女只有長子扶蘇，少子胡亥、公子高、公子將閭四人。有史書說秦始皇有12個兒子，史書中還有秦始皇第10個女兒被殺的記載，這樣看來，秦始皇至少有兒女二三十人。據專家考證，秦始皇共有子女33人。

秦始皇的33位子女，除胡亥在趙高、李斯合謀下篡得皇位，做了秦二世，其余32人皆死于非命。長子扶蘇被篡改的遺詔賜死，胡復稱帝后，怕其兄長不滿而殘酷殺戮他們，史書記載的有，將"六公子戮死于杜"，將十二公子殺戮于咸陽市。公子高準備逃跑，又恐家屬被族，只好上書，請求為秦始皇殉葬，胡亥準其請求，公子將閭昆弟3人，被迫"拔劍自則，胡亥不僅處死了他所有的哥哥，對其姐妹也不放過，史書記載：胡亥將"十公主戮死于杜"。就這樣，胡亥為保住自己的皇垃，殘酷地殺害了自己眾多的兄長姐妹。而胡亥的兒子子嬰被項羽殺了。項羽入咸陽后：“殺子嬰及秦諸公子宗族。在亂軍之中也許有個別子弟逃出改名換姓(歷史沒有記載只是一種可能)但是多數都不在了。

“秦朝末年秦始皇的兒子胡亥和扶蘇的部分子孫遷居到朝鮮，后來他們再由朝鮮遷到日本，此時他們已改姓“秦”。到日本的初期他們中有人掌管日本朝廷的出納工作并且為天皇養蠶織絹，天皇賜姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。雄略天皇執政時期(公元456-479年)，姓秦的秦始皇的后代在當時日本京城的人口中占了92部，總共18670人，到日本欽明元年(公元540年)時在京都繁衍到了7053戶、35000人左右。

現在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。到九世紀時，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河內秦、山城秦等15個姓氏，到現在，日本秦氏已分化出總共44個姓。明治維新時日本政府要求所有的日本人都必須有姓(此前很多的日本百姓沒有姓、沒有學名大名、只有小名)并且強迫部分秦始皇的后代改姓羽田、波多等姓，京都的秦氏家廟(祠堂)及有關的歷史文獻遭到破壞(家譜就是一種歷史文獻)

下面列舉一部分日本秦氏后人所擁有的姓：

秦內、太秦公(秦始皇三世孫孝武王的后代，日本天皇先后賜封秦始皇的后代中的幾個人為孝武王、男功滿王、男融通王……)、秦公(姓這個姓的人是秦始皇帝孫“孝德王”的后代)、秦長連、秦野、秦井、秦多、秦當、秦佐、秦冠、秦前、秦黨、秦原、秦小宅、已智、三林、長岡。

秦氏后人中在日本比較著名的有：

1、秦野章(姓“秦野”)：80年代初中曾根任首相時他任法務大臣;

2、秦真次：昭和時期(就是裕仁當天皇時)曾當過陸軍中將，福岡縣人

3、秦朝元：恒武天皇時的重臣 藤原種繼的岳父，權傾朝野。”

1994年4月當選的日本首相羽田孜上任前，公開承認他是中國第一個皇帝秦始皇的后裔。這使包括日本人在內的許多人十分震驚。他說他的祖先姓秦，在200年前才改為“羽田”，在日語中，秦字與羽田發音相同。