李世民將房玄齡評為功居第一的大功臣。房玄齡自然要推辭，對李世民說：“陛下，您把我評為第一功臣，我實在是不敢當啊。”李世民回答說：“以前漢高祖封賞大臣，蕭何的功勞就評在文武百官之前。你就是我的蕭何，功列第一，是應當的。”

不僅是李世民深知房玄齡的作用，就是李淵，也知道房玄齡是個不可多得的人才。房玄齡在秦王府十余年，掌管文書諸事。每當要向李淵寫奏本時，總是房玄齡執筆。他下筆很快，文章簡約但說理明晰，而且從不打草稿。李淵曾對他的侍臣們說：房玄齡這個人，深識機宜，足當大任。每每替我兒子陳述事情，雖在千里之外，卻像面對面講的一樣。

房玄齡在李世民奪取天下之前，就已經為李世民立下了很多功勞，而他立下的最大功勞，就是幫助李世民下定了奪取天下的決心。

最想殺死李世民的，是他大哥李建成。李建成為了殺死李世民是不擇手段。一次，李建成請李世民到府上吃飯，李世民的手下都覺得危險，勸他不要去。李世民雖然知道李建成想置他于死地，但以為還不至于露骨到用請吃飯這樣的手段，因此，他沒有聽手下人的勸阻而去赴宴了。才吃下幾口，李世民便感到不對勁，接著腹痛難忍。李建成以為大功告成，又不愿自己的親弟弟死在自己的府上，便趕緊把他送回家。幸而李世民命大，經過搶救，總算是把命撿回來了。但這事到底把秦王府鬧翻了，卻又沒有一個人拿得出一個可行的主意來。這時，房玄齡找到李世民的大舅子長孫無忌說：如今，他們兄弟間的矛盾已經公開化了，謀害秦王的事情隨時都有可能再發生。如今天下紛擾不安，各懷異志。古人說，為了國家大事可以不拘小節。秦王應該當機立斷，奪取政權。長孫無忌聽后，說：我們都有這個想法，但沒有誰敢說出來。你如今將這話挑明了，是很合我們心意的。長孫無忌的話，并非虛言。當時開國皇帝李淵健在，李建成是太子，在這種情況下公然鼓動李世民造**，弄不好不僅自己被殺，還會株連九族。所以即便像長孫無忌這樣和李世民十分親近的人，也不敢貿然將這種想法對李世民提將出來。房玄齡倘若不是死心踏地地效忠于李世民，是絕對不敢冒著天大的風險來提出這種主張的。長孫無忌即將房玄齡的主意對李世民說了。李世民也許是認為時機還不成熟，并沒有立即采納房玄齡的主張。

在房玄齡的策劃下，唐武德九年（626年），李世民終于發動玄武門之變，殺了他的親哥李建成和親弟李元吉。李淵無奈，只得讓李世民當太子。不久，李淵連自己的皇帝位子也坐不穩了，只好做順水人情，將皇位讓給了李世民。李世民當上皇帝后，自然要論功行賞。雖然在戰場上沖鋒陷陣、攻城拔寨者不少，如尉遲敬德、程知節、秦叔寶等人，但李世民卻將房玄齡評為功居第一的大功臣。房玄齡自然要推辭，對李世民說：“陛下，您把我評為第一功臣，我實在是不敢當啊。”李世民回答說：“以前漢高祖封賞大臣，蕭何的功勞就評在文武百官之前。你就是我的蕭何，功列第一，是應當的。”