人們對鄭成功的記憶大多停留在他抗擊海寇，收復臺灣的壯舉。實際上，在鄭成功收復臺灣之前，他在軍事上做的準備更多是為了抗擊清朝。而在鄭成功的抗清版圖中，南京的地理位置及其重要。占據長江，即可控有中國東南半壁江山，進而可號召抗清志士，擴大抗清力量，與清廷抗衡。更何況南京是明朝的開國之都，1644年，時年20歲的鄭成功還曾作為福建南安（鄭成功家鄉）唯一有資格到南京國子監（明朝最高學府）學習的學生在南京求過學。南京從各個角度都是鄭成功抗清北征的重要戰略目標。

清順治十六年（1659年），鄭成功經過了長時間的準備，度過了一些波折，開始了沿海北征的抗清之戰。然而，正是在年少時期的求學之地南京，鄭成功的北征軍遭遇了最慘痛的失利。

【戰無不克，兵臨城下】

1659年5月4日，鄭成功以舟山為營，起兵北伐南京，并于6月14日抵達鎮江、瓜州附近。

鎮江、瓜州地處南北運河入江口，是歷朝水路的重城，也是長江的重要門戶。清軍聞悉鄭成功的北征軍攻入長江，遂出兵架設紅衣炮及木浮營應戰。然而鄭成功的北征軍擅于水戰，僅兩日時間便生擒清軍將領朱衣佐，掠去瓜州城兩翼所有紅衣炮，進而攻克瓜州。

之后，清軍鎮江守將高謙與知府戴可進投降。如此，鄭成功北征軍已打開江寧門戶，并攜連戰連捷之士氣調遣先頭部隊溯江而上，逼近南京城。

【圍而不困，此消彼長】

7月4日，鄭成功率十余萬大軍和數千戰艦正式出征南京，并于7月12日登岸，相繼在太平、觀音、神策、金川、鐘阜、儀鳳、江東等門外立營83座，排列大炮，并且切斷水上交通，形成圍城之勢。

面對北征軍的重兵包圍，南京的守城清軍積極組織守備。一方面，清軍四處調遣救兵，甚至向清廷求援，派遣滿師前來增援；另一方面，清軍總督郎廷佐以詐降之計拖延時間，并在城內加緊配置物資與糧草的儲備，日夜看守城門，做好隨時開戰的準備。

與此同時，受到之前順風順水的戰況影響，鄭成功反倒出現了一些輕敵的情緒。面對大將甘輝等人迅速攻城的建議，鄭成功表示：“自古攻城掠邑，殺傷必多。所以未即攻者，欲待援虜齊集，必卜一戰，邀而殺之，管效忠必知我手段，不降亦走矣。況屬邑櫛次歸附，孤城絕援，不降何待？”大意是說，直接攻城必然帶來巨大的損傷，不如等援軍一起匯合之后一舉擊破，進而迫使對方獻城而降。在這種作戰思路的影響下，北征軍的包圍圈并沒有限制清軍各方面的援軍進城，即“圍而不困”。長此以往，北征軍的斗志也逐漸松懈。攻守雙方的戰力已然呈現出此消彼長的態勢。

【神策夜襲，北征飲恨】

7月15日前后，由長江下游陸續入城的清軍至少已有四五千人，且尚有援軍在途中。在兵員、物資等方面做好充分準備的基礎上，清軍以攻為守，出戰北征軍。7月23日，清軍從東、西城門出兵由陸路夜襲，分擊北征軍首尾。清蘇松總兵梁化鳳又自崇明繞道赴援，與城內守軍配合突襲北征軍前鋒。北征軍倉促應戰，苦斗多時，清軍又暗開神策門、儀鳳門，直搗北征軍中堅。鄭成功的北征軍擅長水戰，但陸上戰斗力相對有限；長期的消極備戰又使得北征軍士氣低迷；再加上士氣高昂的清軍采取的是夜襲戰略，本就取得了先機，北征軍力戰不敵，先折一陣，儀鳳門和鐘阜門外的3座北征軍營寨被拔。

次日，清軍乘勝追擊，由陸上包圍北征軍所據山頭。清軍梁化鳳率部出神策門直沖山上北征軍左先鋒楊祖營，雙方炮矢交擊，沖突死戰。楊祖雖三次擊退清軍進攻，終因寡不敵眾，援軍不濟，被梁化鳳擊敗。清軍占據山頭之后，居高臨下與山下清軍夾擊山中北征軍各部。北征軍各部在亂戰中無法相互救援，最終相繼戰敗，飲恨南京。

北征軍在南京城下戰敗后，迅速向鎮江撤退，沿途不斷有殘兵敗將逃歸。計點諸鎮，損失了甘輝、潘庚鐘、萬禮、張英等14員大將，兵員損失更是不計其數。鄭成功嘆日：“是我欺敵之過。”

【失之東隅，收之桑榆】

兵敗南京之后，鄭成功曾試圖攻取崇明縣，做為再次進攻長江的陣地。然而，北征軍不擅陸戰的弱點再度成為其掣肘。崇明一役，北征軍兵力占優，卻久攻不克，最終只好全軍退回廈門。南京之戰可說是鄭成功生涯當中最輝煌及最重要的一役，卻是先盛后衰，以大敗收場，使鄭成功的反清大業受到致命挫折。

北伐南京失敗后，鄭成功部隊元氣大傷，并且面臨軍糧不足的問題。為了解決大軍的后勤給養問題，鄭成功決定聽從何斌之建議收復由荷蘭殖民主義者侵占的臺灣島。而正是這一決定，促成了1661年鄭成功收復臺灣的壯舉。這一壯舉也成為了鄭成功最為后人所銘記的故事，可謂是失之東隅，收之桑榆。