明弘光元年(1645)五月初九，清軍破南京，弘光帝南逃。三十日，縣令錢默出逃。

六月二十四日，清朝授縣令張維熙到任。是日，明嘉定總兵吳志葵率百人，白布裹頭，晝伏東門外時家墳，晚間各持火把逼近縣城，揚言捉拿張維熙，張逃之夭夭。二十七日，吳志葵再臨縣城，士民夾道迎接復明之師。

閏六月初七，明降將李成棟部騎兵路過境內新涇橋，大肆奸淫婦女，致死7名。初八，李成棟親率兵船百艘、馬步兵2000余名停泊縣城東關，大肆奸掠。初九，李率兵去吳淞，留偏裨將梁得勝等300名守護兵船。

十二日，清軍下剃發令，群情激憤，遠近鄉兵，競相圍攻李成棟船隊。船只及所掠財物悉數焚毀，斬殺清官兵84名。

十五日，李成棟去太倉求援，行至羅店又被鄉兵追殺，傷亡慘重。于是，李成棟瘋狂縱兵報復，濫殺無辜。

十七日，明都察院觀政、進士黃淳耀及弟淵耀，與前左通政侯峒曾及子元(玄)演、元(玄)潔倡議守城。

十八日黎明，李成棟率兵攻羅店，支洪、陸文煥率鄉兵抵御。李暗遣精兵東渡練祁，西渡荻涇，鄉兵背腹受敵，退入鎮內。時值早市，清軍入鎮屠殺。居民死難1604名。

十九日，黃淳耀，侯峒曾集眾公議，決定劃地而守，城上高懸“嘉定恢剿義師”大旗，自制各種武器，嚴陣以待。

二十五日，吳志葵遣游擊蔡喬率兵200余名支援嘉定，扎營城外。

次日五更，遭李成棟伏兵襲擊，蔡喬戰死。李成棟引兵歸吳淞過新涇橋時，縱火焚屋，雞犬不留。

七月初一，各路鄉兵10萬余會集磚橋與清兵決戰。清兵分左右兩翼沖殺，鄉兵大敗，被追殺不計其數。李成棟部入婁塘鎮后屠殺1073名，并縱兵奸淫婦女，不可名狀。

初三，李成棟匯同太倉清兵攻城，日夜炮轟。

初四五更大雨滂沱，守城士民已露立三晝夜，飲食幾絕，漸不能支。清兵趁機急攻，破東門涌入城內。侯峒曾仍坐鎮城樓，二子急呼：“事急矣，何以為計？”侯峒曾答曰：“有死而已，所恨者枉送一城百姓耳。”急令二子離去，二子走數步又還。侯峒曾怒日;“我死國事分也，祖母在，若輩應代我奉事，戀我何為？”二子慟哭而去，至孩兒橋皆被殺。侯峒曾自沉宣家池(葉池)未死，遂被清兵殺害。東門破，城中居民紛紛奔西門逃生，而清兵截段堵殺，居民投河死者無數。時鎮守西門的黃淳耀見大勢已無可挽回，遂與弟淵耀騎馬至早年讀書的西林庵，對僧無等曰：“大師急避，某兄弟從此辭矣！”遂索筆疾書：“遺臣黃淳耀于弘光元年七月初四日自裁于西城僧舍。嗚呼！進不能宣力皇朝，退不能潔身自隱。讀書寡益，學道無成。耿耿不滅，此心而已！異日寇氛復靖，中華士庶再見天日，論其世者，當知予心。”書罷，見弟淵耀已縊梁間，遂縊其側。南門守將張錫眉，聞城破，偕妾投水死。身留絕命詩一首：“我生不辰，僑居茲里。路遠宗親，邈隔同氣。與城存亡，死亦為義。后之君子，不我遐棄。”另有守城將領龔用圓、龔用廣兄弟聞城破，擁抱慟哭曰;“我祖父清白自矢，已歷三世。今日茍且圖存，何面日見祖宗于地下？”語罷雙雙自溺而死。辰時，李成棟入城下令鳴炮屠城。小街僻巷，無不窮搜。每遇一人，大呼獻寶，獻若不多，連砍三刀，物盡則殺。全城刀聲砉然，嚎叫之聲，動地驚天。懸梁者、投井者、斷肢者、血面者，被砍未死，手足猶動者不計其數。骨肉狼籍，遍地皆是。投河自溺者不下數千人。三日后，自西門至葛隆鎮，浮尸滿河，行舟無處下篙。血污浮于水面，高出數分。婦女若容貌不佳者必殺，有美色者生虜，于街坊當眾奸淫。若有不從，釘其手足。初六日，李成棟糾集民船300余艘，滿載所掠金帛、女子、牛馬豬羊駛往太倉。嘉定被屠后，葛隆、外岡、馬陸、楊行等鎮鄉兵復聚，再議抗清，誓不反顧，并時有偷襲斬殺清兵之義舉。

二十六日五更清兵大隊至葛隆，入鎮后肆行屠殺，流血滿地，并再屠外岡鎮。

二十七日，浦嶠、浦嶂率兵再屠嘉定，逢人便殺，不分老幼，所劫財物盡載太倉。

自閏六月初，嘉定人民自發起義抗清，兩個月內，大小戰斗十余次，民眾犧牲2萬余，史稱“嘉定三屠”。