康熙帝在解決東北邊疆沙俄侵擾和西北噶爾丹叛亂的同時，還有條不紊地把東南沿海和臺灣島收歸了版圖。鄭成功到臺灣后不久，就生病去世了。他的兒子鄭經(jīng)率領(lǐng)鄭氏部屬，在臺灣和福建沿海一帶活動，仍然沿用明朝年號，堅持反清復(fù)明。但是，在清朝已經(jīng)穩(wěn)固統(tǒng)治了大陸的情況下，恢復(fù)明朝是根本不可能的。公元1681年，康熙帝任命施瑯為福建水師提督，籌劃攻臺。施瑯(1621～1696)是福建晉江人，他以擅長海戰(zhàn)著稱，曾隨鄭成功起兵抗清，后投降清朝。這次出征，是施瑯夢寐以求的愿望，他到了福建后，就布置打造戰(zhàn)船，操練水師。

康熙二十二年(1683)六月，施瑯率領(lǐng)水師山發(fā)了。臺灣鄭氏早已聽到風聲，派久慣海戰(zhàn)的大將劉國軒坐鎮(zhèn)澎湖。劉國軒修建炮城，排列戰(zhàn)艦，準備迎戰(zhàn)。十六日，清軍船隊集齊，兩軍開始交戰(zhàn)。施瑯一馬當先，首先駕船沖入敵陣。鄭軍氣勢強盛，各營鎮(zhèn)戰(zhàn)船爭先恐后，圍繞清軍戰(zhàn)船猛攻，施瑯被流彈擊中受傷。清軍船只多，擠在一起，難以發(fā)揮威力。初戰(zhàn)受挫，施瑯傳令各船將士不許卸甲，嚴陣以待。二十二日清晨，清軍誓師出戰(zhàn)。施瑯將船分為8隊，每隊7只，他自己統(tǒng)領(lǐng)一隊，居中調(diào)度。又派80只船為后援，50只船在東側(cè)截敵后路，50只船在西側(cè)作為疑兵進行牽制。兩軍相遇后，炮如雨下，煙氣蔽天。在清軍的奮力沖殺下，鄭軍漸漸不支，將士喪失了十分之七八。劉國軒知道大勢已去，不敢再戰(zhàn)，急忙率領(lǐng)殘兵敗將，退回臺灣島。

臺灣一些鄭軍將領(lǐng)聽說清軍來勢兇猛，紛紛派人與施瑯接洽，里應(yīng)外合，協(xié)助清軍。清軍兵不血刃，占領(lǐng)了臺灣本島。清軍占領(lǐng)臺灣的消息傳到京師，康熙帝大喜，封施瑯為靖海侯。當時，朝廷上有些人以為大功告成，主張放棄臺灣不管。施瑯堅決反對，上疏力爭，提出臺灣土地肥沃，物產(chǎn)豐富，是保衛(wèi)東南沿海的天然屏障，一旦放棄，必然重被荷蘭人占據(jù)。康熙帝完全贊同他的主張，下令設(shè)立臺灣府，下屬3縣，歸福建省管轄。

從此，臺灣正式隸屬中央政府，列入了清朝版圖。這對于維護國家統(tǒng)一，反對外來侵略有著重要意義。施瑯后來也一直被清朝重用。