沙漠寶石

科學家對圖坦卡蒙法老的圣甲蟲寶石頗感興趣，認為它形成時間早于埃及文明。他們猜測這種絢麗寶石可能形成于撒哈拉沙漠隕星碰撞或者隕星空中爆炸，但由于未在撒哈拉沙漠發現任何碰撞隕坑，從而認為隕星在地球大氣層爆炸的可能性較大，火球使撒哈拉沙粒溫度達到1.8萬攝氏度，最終融化成神秘晶體。

神秘蜘蛛藝術

埃及西部沙漠發現破損的蜘蛛藝術品碎片，盧克索西部175公里處赫迦綠洲一塊砂巖上描述著神秘古老的蜘蛛巖石藝術，在黎明時分，可以看到巖石上的繪畫類似于蜘蛛網和蜘蛛，甚至誘捕的獵物。埃及古物學家認為，這些遠古蜘蛛藝術的歷史可追溯至公元前4千年，甚至早于史前文明。

納布塔普拉雅石陣

位于撒哈拉沙漠的納布塔普拉雅石陣(Nabtaplaya)歷史甚至比史前巨石陣早1000多年，該石陣包含著豎立和平置的石柱，這些石柱重量達到數噸，一些高度達到2.7米。考古學家認為是6000-6500年前未知石器時代人類建造的，可能是迄今最古老的天文測算巨石結構。

納布塔普拉雅石陣

皮斯科洞

由于秘魯皮斯科洞鄰近納斯卡線條，其知名度并不高，皮斯科洞位于秘魯皮斯科峽谷沙漠干旱地區，是數千個錐形洞結構，迄今為止考古學家并不知道是何人建造的。一些理論認為，這是某些神秘古代居民建造的糧倉或者墳墓，但事實上它的深度達到兩米，不太可能用于存儲食物或者掩埋尸體。

阿塔卡馬沙漠硝酸鹽

達爾文曾稱阿塔卡馬沙漠是一個“什么都不存在的地方”，這個南美沙漠被認為是地球上最干旱的地區，但是這里擁有世界上數量最多的硝酸鹽和碘沉積物。可能的解釋是這些礦物質與太平洋延伸50公里有關，大氣氮通過結合土壤和鹽，轉變成為硝酸鹽;本地山脈上升時，遠古富含礦物質的水涌至地表。

未知人類物種

2011年，科學家在肯尼亞沙漠荒地發現迄今最古老的人造石制工具，這項發現證實遠古工具并非是由早期現代人類制造的。149塊石制工具的歷史可追溯至330萬年前，當時并不存在人類祖先，科學家猜測這可能是由一支未知遠古人類物種制造的。

敘利亞遺跡

敘利亞一處沙漠廢墟遺址的歷史比埃及金字塔更古老，距離敘利亞首都大馬士革80公里，其歷史可追溯至5000年前，與這處廢墟遺址相比，大馬士革是一座“年輕的城市”。2009年，考古學家羅伯特-梅遜發現附近石塊的歷史比預想得更古老，可能有6000-10000年歷史。相比之下埃及吉薩金字塔大約有4500年歷史。

美國四角區域的神秘氣體

2003年，甲烷氣體監控衛星發現美國四角區域釋放出大量的溫室氣體，四角區域是科羅拉多州、新墨西哥州、亞利桑那州和猶他州交界的沙漠地帶，數據顯示四角區域釋放甲烷氣體相當于美國每年釋放甲烷氣體的10%，并且這一現象持續6年之久。目前，研究人員猜測這與當地4萬口天然氣井有關

奇特的墓室

2005年，埃及國王谷發現一個3千年前神秘墓室，這是一個簡單的石灰巖墓室，里面有28個罐子和7具棺材，它們都被細致地密封起來，一些罐子和棺材上繪有黃色面孔圖案，但是考古學家打開罐子和棺材之后發現里面并沒有任何尸體，而是巖石、衣物、木材等，甚至一具棺材中還放置著另一具棺材。

仙女圈

納米比亞沙漠分布著數百萬個圓圈狀結構，其邊緣分布著高度至膝蓋的草，但是圓圈中心卻是光禿禿的。多年以來，科學家對此迷惑不解，曾有多種解釋理論白蟻吞食營養物質所致;斑馬等動物的棲息地;有毒植物和真菌殺死圓圈中的植物等。目前最新研究認為，神秘沙漠仙女圈是植被爭奪營養物質的結果。