明太祖朱元璋有二十六個兒子，他因自己出身卑微，當上皇帝后，生怕那些開國元勛“尾大不掉”，將長子立為太子，九子、二十六子早死，其余二十三個兒子都封王建藩。燕王朱棣、晉王朱？、寧王朱權等率兵駐守北方，抵御蒙古;周王朱、齊王朱榑等駐于內地各省，監督地方官吏。朱元璋規定，如遇奸臣專權，藩王可以聲討奸臣，甚至可以發兵“清君側”。他的本意是企圖用皇室親戚來維護皇權，殊不知事與愿違。

皇位理應由朱允炆的父親朱標繼承，朱標作為長子，早就被立為太子。可惜他英年早逝，死于洪武二十五年(1392年)，朱元璋按照嫡長子繼承的原則，把長孫朱允炆立為皇儲。

洪武三十一年(1398年)朱元璋病逝，長孫朱允炆即位。出生于洪武十年(1377年)的朱允炆，此時已是一個英姿勃發的青年了，書生氣十足而又溫文爾雅，卻缺少祖父與叔父們雄才大略的草莽習氣。他在位僅僅四年，就被叔父——燕王朱棣趕下臺，禍根是他的祖父朱元璋種下的。

朱元璋給兒子們封王建藩，并授予他們“清君側”特權的做法，同樣出身卑微的劉邦也采用過。劉邦建立漢朝后，立即分封同姓諸侯王，作為劉家天下的屏障。出乎意料的是，那些同姓諸侯王野心勃勃，與中央分庭抗禮。漢景帝接受晁錯的“削藩”主張，引來了藩王的反叛——吳楚七國之亂，他們的借口就是“請誅晁錯，以清君側”。

歷史常有驚人的相似之處。建文帝即位后，那些分封于邊疆及內地的藩王們，根本不把這個年輕的侄皇帝放在眼里，他們個個擁兵自重。建文帝時時感受到有著皇叔身份的藩王們的威脅，不得不與親信大臣齊泰、黃子澄、方孝孺商量削奪藩王的權力。藩王們當然不會坐以待斃，勢力最大的燕王朱棣率先發難，其借口就是援引“祖訓”：如遇奸臣擅權，藩王可以發兵聲討，以“清君側”。

于是，建文元年(1399年)七月朱棣在他的封地起兵，發動了“靖難之役”，借口是“清君側”，其實是以聲討齊泰、黃子澄為名，矛頭直指建文帝。建文四年，燕王朱棣攻下當時的首都南京，建文帝下落不明，一說焚死，一說逃亡，究竟如何，眾說紛紜，這就是建文帝生死之謎的由來。

燕王朱棣為了奪取帝位，必須宣稱建文帝已經死亡，否則他就不可能稱帝。他在裝模作樣地多次拒絕大臣們的“勸進”之后，終于登上了夢寐以求的皇帝寶座。這樣的做法未免有篡位的嫌疑，要擺脫嫌疑，首先必須否定建文帝的合法性。因此他既不給建文帝應有的謚號，也不承認建文的年號，把建文四年改稱洪武三十五年，表示他不是繼承建文帝的帝位，而是直接繼承太祖高皇帝的帝位。就這樣，他成為明朝的第三代皇帝——明成祖，第二年(1403年)改元為永樂元年。

明成祖朱棣為了粉飾奪取帝位的合法性，指使臣下掩蓋歷史真相，銷毀建文時期的政府檔案，禁止關于這一事件的一切記敘。光有掩蓋還不夠，必須篡改歷史。于是，這場政變被描繪成這樣：建文四年六月，“靖難”的軍隊打到南京金川門，“建文君欲出迎，左右悉散，惟內侍數人而已，乃嘆曰：‘我何面目相見耶！’遂闔宮*”。

史家的春秋筆法已經顯露無遺，對朱允炆既不稱惠帝，也不稱建文帝，而徑直改稱“建文君”，以表示他并不是帝位的合法繼承人;因為無臉見人，才畏罪自殺。燕王朱棣則顯得高風亮節，捐棄前嫌，立即派遣太監前往救援，無奈來不及，太監把“建文君”的尸體從火中找出，報告燕王，燕王哭著說：果然如此癡呆？我來是為了幫助你做好皇帝，你竟渾然不覺，而走上絕路！這分明是史官的粉飾之言。

假如建文帝不“自焚”，也必死無疑。事實上朱棣上臺后，對建文帝的親信大臣如齊泰、黃子澄、方孝孺等，展開了一場又一場大屠殺，被人稱為“瓜蔓抄”。其殘酷的程度可與乃父朱元璋懲處胡惟庸、藍玉黨案相媲美。

明末文壇領袖錢謙益的《有學集》中有一篇《建文年譜序》，這樣寫道：他在史局(國史館)工作三十余年，博覽群書，唯獨對于“建文遜國”(官方對于朱棣奪取帝位的一種標準宣傳口徑)一事，搞不清楚，而傷心落淚。原因有三：一是《實錄》無征，二是傳聞異辭，三是偽史雜出。因此他稱贊趙士喆所編《建文年譜》，薈萃諸家記錄，再現真相，感人至深，“讀未終卷，淚流臆而涕漬紙”。可見從明初到明末，始終有人在探求建文帝的生死之謎。