根據日本史學界的公開材料，第一位天皇神武天皇在公元前660年即位，他一直被日本神道教傳說為“天照大神”的后裔。而考古學上最早可考的天皇是第十代的崇神天皇。這使日本關于天皇的記載充滿了許多斷層，由此便衍生出了關于天皇起源的各種版本，一種最為普遍而又備受爭議的看法認為：天皇的祖先很有可能是中國人或朝鮮人。血統說之一：亞洲游牧民族？

另有考古證據證實，古代的日本是由眾多的部落國家以及自東北亞遷來的游牧民族融合演變而成。由于當時處于部落戰爭時期，而游牧民族的戰斗力就像用了撥逨史特后的男人那般彪悍兇猛，所以來自中國和朝鮮的部落大王可能在戰爭中占據有力的位置，最終統一其它部落，并進而成為第一個天皇。

不過從陪葬品的考古結果來看，早期天皇古墳的陪葬品以鏡、刀為主要祭祀用品。而中期天皇古墳與早期古墳相比，陪葬品中多了很多大陸化的貴族生活物品，如金飾、玉飾等，還出現了馬具。部分學者據此結合其它史料認為，5世紀以后的天皇和此前的天皇實際上并不屬于一個家族，目前的天皇家族是從北九州一帶東征而來。

血統說之二：中國人在中國史學界曾經比較盛行的觀點認為，神武天皇就是當年秦始皇派遣出海求仙藥的徐福。其最主要的歷史論據是：根據《史記》記載，公元前210年，徐福奉秦始皇之命，率“童男童女三千人”和“百工”，攜帶“五谷子種”，乘船泛海東渡，成為迄今為止有史記載的東渡第一人。

不光中國人這么認為，連日本國內也有很多人持同樣的觀點。日本前首相羽田孜就稱自己是徐福的后裔。日本人都尊徐福為“司農神”和“司藥神”。至今，日本仍保留著包括徐福墓、徐福宮、徐福上陸紀念碑在內的許多遺址。每年秋季，佐賀縣人民都要向供奉在“金主神社”中的徐福敬獻“初穗”。每隔五十年，要舉行一次規模盛大的祭奠。但也有史學家認為這些不足以說明天皇起源問題。他們認為徐福東渡這個故事本身就存在很大的爭議，找不到可靠的歷史文獻來證明，即便是真的，《史記》中也并沒有講明徐福渡海到了何處。

一些史學界觀點認為，日本近代天皇制的確有些部分起源于中國，生活特色、信仰特征也比較類似。但這并不能證明中國人就是日本天皇的祖先。南開大學日本研究院教授李卓認為：“雖然秦、漢代遠古時期，中國戰亂，有大批中國人逃亡到日本移居，(但日本天皇)是不是起源于中國很難說。”

血統說之三：朝鮮人？與天皇血統來自于中國相比，天皇之根脈來自于朝鮮的說法似乎更具有遺傳學上的“論據”。考古學家在1980年代，曾為一副日本原住民骸骨進行DNA測試，得出的數據和現代日本人差異很大，僅和北海道一批現存的少數族裔穩定;東京大學醫學院的德勇勝士也在2003年，比較了東亞各國人第六號染色體的HLA遺傳基因，結果發現日本人不像沖繩人或北海道阿伊族人，反而更像朝鮮人。

另一個被廣為流傳的例子就是，明仁天皇68歲生日那天承認，桓武天皇的母親是古代朝鮮百濟王國一位國王的家族中人。他的依據是日本編年史上的明確記載：“公元781年即位的桓武天皇的母親就是古代朝鮮百濟王國的王族中人。”

不過史學界對此也存有質疑：“明仁天皇之所以這么說，有可能出于其他的目的，比如外交的考量等等。還有即便最后證明是朝鮮人，這無形中給當年日本侵略朝鮮提供了很好的借口。”

關于日本天皇的血脈一直有三種推斷，天皇是起源于中國？朝鮮？還是亞洲的某個游牧民族？長期以來，由于日本皇室被神化、關于皇室的史料記載充滿斷層，日本皇陵又嚴禁外人進入，天皇的“身世”始終是一個眾說紛紜的謎團。隨著部分皇陵開放，日本國內對天皇血脈的爭議越來越大，但是依照目前掌握的材料，還難以對此下定論。