近代中國內憂外患，大清朝各種不平等條約，國土大片淪喪，尤其是俄國，黑龍江以北，外興安嶺以南，烏蘇里江以東，包括庫頁島，西北巴爾喀什湖以東以南，大約150萬平方公里，這些地區都是肥沃黑土，優良港口，俄國遠東的人基本都住這里。但即使是這么大一塊地，清政府都可以丟。但是卻一定要不惜一切代價收復新疆？

當時在清廷眼中黑龍江以北是人煙稀少的不毛之地，戰略上毫無價值。中國歷代中原王朝的統治區域大多沒有到達吉林，但對中國的安危貌似也沒什么影響。

但新疆就不一樣了，當時新疆和陜甘都有大量的穆斯林居民。西域一失，則河西震動，河西一旦淪陷，則南可以裹脅青海，北可以威脅蒙古，東可以扼壓關隴。一旦阿古柏和陜回合流，則潼關以西非復清廷所有矣！西邊的突厥人比北邊的斡羅斯人更具侵略性，所以新疆一帶作為戰略緩沖地帶，必須拿回來。

另外最主要的一點就是外東北丟失時清廷面臨太平軍和英法聯軍的內憂外患，根本有心無力。而左宗棠西征時，清廷已經鎮壓了太平軍和捻軍，可以騰出手來了。

東北方向清朝和沙俄很早以前就簽過尼布楚條約，雙方劃定過明確國界，之后清朝把土地割讓給沙俄是因為一系列的不平等條約。從清朝的角度看，除非通過戰爭打敗沙俄，否則沒可能收復那些土地。這就類似于清朝不可能再跟英國人打一仗再把香港奪回來。當然了，清朝也沒有覺得丟了西伯利亞的土地是件很重要的事情，所謂龍興之地并沒有那么遠。

西北方向的情況很不一樣，西北方向的國界是不明確的，阿古柏這種對手也是清朝政府更熟悉的前現代對手，而不是西方列強。所以清朝有余地選擇是不是要保新疆，以及討論新疆對國家的戰略價值到底有多大。類似的，琉球被日本占領的時候，清朝也有余地選擇是不是要保琉球，只不過清朝作出了不同的選擇。

清廷在鎮壓了太平天國以及大體同時代南方的變亂之后，開始著手處置西北陜甘回變以及聚集于此的一部捻軍的問題。對于清廷來說，陜甘是一定要收復了，所以左宗棠入陜后，先回頭鎮壓了捻軍，然后立刻再入陜，經過了一系列烈度極大死傷慘重的戰斗之后平定了陜甘。其間，左部有一些不支的時候，清廷還動過用李鴻章所部替換左宗棠的念頭，足見清廷的決心。

然后在收回了陜甘之后，清廷一開始是讓左宗棠著手籌備收回新疆的事宜。但是這個時候，發生了日軍侵臺事件，清廷考慮到海軍力量尚且很弱，遂做了退讓。這之后，就發生了著名的海防塞防之爭。復雜的過程就不說了，總之是：李鴻章一派認為新疆相對不重要，可以變為羈縻地方甚至屬國狀態，而集中人力物力財力與海防;而左宗棠一派，提的是“海塞并重”，并且將新疆的防務直接聯系到了清朝京師的防務上，即“保京師必保蒙古保蒙古必保新疆”，這個問題牽動了清廷敏感的神經之一。起初，海防派人數較多，塞防派較單薄。后來，塞防派獲得了重臣文祥的支持。最終，清廷同意了“海塞并重”的策略，而實際實行的，是優先支持塞防，海防支持的則相對較少。

總結起來，這場爭論在同光之交的近觀來觀察，其中不無政治斗爭和博弈。而從整個同光年的政治格局和走向來看，也是清末邊疆治理思想/戰略的轉換的契機。始于同末光初的“海塞之爭”直接導致了十年之后新疆和臺灣的設省。同時蒙古和東北設省也提上議事日程，其中后來后者完成了，前者則沒來得及。同時發生的，還有比如哈密改土歸流的努力，以及趙爾豐在川邊的一些列改土歸流行動，還有他宣統末年在西藏的一些列行動，后者最差也給民國留下了個西康省。

總之，歸根結底還是國力衰弱，清政府軟弱無能，制度腐朽。