北方與西北

清初蒙古分四大部。 其中準噶爾汗國與沙俄友好，其可汗噶爾丹滅領葉爾羌汗國與青海和碩特，又占領喀爾喀蒙古，喀爾喀三部南下投靠清朝。康熙帝時期首先派薩布素于雅克薩戰役驅除入侵黑龍江的沙俄軍隊，與沙俄所簽訂的尼布楚條約以確立東北疆界并獲得沙俄的中立。接著于1690年至1697年間烏蘭布通之戰與三征噶爾丹使噶爾丹戰死，創立多倫會盟以保護喀爾喀蒙古，將喀爾喀蒙古并入清朝。

雍正時期于1727年與沙俄簽訂恰克圖條約，確立塞北疆界。1729年雍正聽從張廷玉建議，以傅爾丹與岳鐘琪兵分二路于科布多對抗準噶爾汗噶爾丹策零，最后于和通泊之戰戰敗。1732年噶爾丹策零東征喀爾喀蒙古，兵至杭愛山，被喀爾喀親王策棱擊敗。1734年清準和談，以阿爾泰山為界，西北大致和平。

乾隆時期西北準噶爾諸子爭位。乾隆帝乘機于1755年派降將阿睦爾撒納為引導，以定北將軍班第率軍平定準噶爾，攻下伊犁。而后阿睦爾撒納想要成為新準噶爾之主，由于沒有獲得乾隆帝支持而叛變。乾隆帝派兆惠西征，最后于1757年平定天山北路，準噶爾亡，其族慘遭滅絕。然而在天山南路，脫離準噶爾統治的回部領袖大小和卓兄弟起兵反清，史稱大小和卓之亂。其領袖布拉尼敦與霍集占占據喀什噶爾與葉爾羌，意圖自立。1758年乾隆帝再命兆惠西征，兆惠率輕軍渡沙漠圍攻葉爾羌(今新疆莎車)，反被包圍于黑水營。隔年清將富德率軍解圍，兆惠與富德最終攻滅大小和卓，并讓帕米爾高原以西的中亞各國成為藩屬國 。

青藏地區

青藏地區 的和碩特汗國協助黃教達賴五世擊敗紅教統一全藏，之后分裂成青海與西藏和碩特。達賴六世時，藏區政事交由第巴(理事大臣)桑結嘉錯管理，他聯合準噶爾對抗西藏和碩特的拉藏汗，拉藏汗先下手殺桑結嘉錯并廢除達賴六世。1717年噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏，攻殺拉藏汗，并且占領拉薩。清軍與準軍多次交戰，最后于1720年由胤禵率軍驅除成功，協助達賴七世入藏， 以拉藏汗舊臣管理藏區。

雍正初年青海親王羅卜藏丹津意圖復興和碩特汗國而亂，隔年年羹堯與岳鐘琪等人平定。為此雍正帝占領部分西康地區，又在西寧與拉薩分置辦事大臣與駐藏大臣以管理青藏地區。

乾隆末年，尼泊爾的廓爾喀王國兩次入侵西藏。1793年清廷派福康安與海蘭察領兵入藏，平定廓爾喀，不丹與哲孟雄(今錫金)亦為藩屬國，加強駐藏大臣的權力。

西南地區

雍正聽從鄂爾泰建議推行改土歸流，廢除具自治性質的土司，以地方官管理少數民族。

乾隆初年派張廣泗平定貴州苗民之亂，隨后清軍前往平定大渡河上游的大小金川(今四川金川縣與小金縣)動亂，史稱大小金川之役。1747年到1749年期間發生大金川之戰，清軍于此吃盡苦頭。1771年第二次金川之戰爆發，大小金川的諾木與僧桑格均叛，清將溫福戰死，阿桂歷經多次作戰，直到1776年方平定。

弊端

清朝在奪取全國政權之后的很長時間內，一直把它征服的中華各民族看作被征服者，實行民族高壓政策。強調滿漢不通婚;筑起種族隔離墻，不準漢族去東北，不準蒙族平民入漢地。這就造成了民族歧視。 而改土歸流雖然加強了國家對邊疆地區的管理，但卻加劇了中央與少數民族地區之間的矛盾，引起了多次邊民起義，此外，改土歸流亦只流于形式，僅是“換了官名，人還在，一姓土皇”。