永嘉元年，西晉王朝覆滅，司馬睿在瑯琊王氏的擁護下，南渡長江，遷都建康，王舒也在同家族同往。南遷后，王舒出任溧陽縣令。司馬紹任職東中郎將期間，命王舒為其司馬，以及后將軍、咨議參軍數職。

王舒與王敦之亂有何關系

王敦之亂爆發后，王敦進軍都城，軟禁司馬睿，肅清朝中敵對勢力，將朝中大權盡握手中。為加強王氏家族勢力，王敦任王舒為鷹揚將軍、荊州刺史、領護南蠻校尉等數職，對王舒極為信任。而王舒從其兒子口中獲知王敦預謀篡位稱帝，難與他同流合污，遂聯系司馬紹暗中籌劃。

太寧二年，王敦突發病疾，不久后去世，其余眾難擋司馬紹平叛之力，接連兵敗，王敦黨羽中的心腹錢鳳、沈充等人皆被斬殺，王含與其子王應兵敗而逃，后寄書信于王舒，欲投奔王舒，而王舒表面上極為仗義，親自乘船來接應，實際上早已謀劃在江中殺害王含王應。

不久，陶侃領命代替王舒就任荊州刺史，王舒升職為安南將軍、廣州刺史，但因王舒身體孱弱，難以忍受前往嶺南就任，長途奔波，朝廷體桖王舒體弱，不應遠行，特此改任湘州刺史，后又入朝官拜上書仆射。

王舒再度平叛東晉大亂

王舒對于東晉，實為有功之臣，兩次就王朝于水火之中，王敦之亂后，又興起蘇峻之亂。

晉明帝去世后，庾太后臨政，庾亮與王導在朝輔政，王導為人寬和，因此政權大都掌控在庾亮手中。咸和二年，歷陽內史蘇俊成為了朝廷的一大隱患，庾亮執意召蘇俊入京，壓制其實力，朝堂上下多數人反對。庾亮一意孤行，其莽撞行徑終逼蘇俊發動叛亂。

同年，蘇俊聯結鎮西將軍組約一同攻打京都建康，王舒遂領命任揚州刺史平復叛亂。次年，蘇俊兵駐建康，庾冰守城不力，難擋蘇俊軍隊的攻勢，所幸投降。王導以太后詔諭秘傳給王舒，集解三吳義兵，響應溫嶺，起兵討伐蘇俊，戰事極為激烈，雙方各有勝負，戰事失利導致多個郡縣被蘇俊軍隊所奪，王舒于是派王允之出任揚烈將軍，與徐遜等將領率輕兵突襲蘇俊軍后部，劫取戰利品以供軍隊所需。

同年，蘇俊在逃忙中墜馬而被殺，溫嶺設立行臺，人王舒為浙江東五郡軍事，叛亂過后，王舒仍駐守肅清蘇俊殘余勢力。

王舒助力東晉兩次叛亂，功勛顯著，被封為彭澤縣侯。咸和八年六月，王舒逝世，朝廷追封其為車騎大將軍，入葬之禮同等于三司，謚號穆侯。