1916年6月袁世凱死后，黎元洪任總統(tǒng)，段祺瑞以國務(wù)總理兼陸軍總長(zhǎng)掌握北京政府大權(quán)。他們?cè)谌彰罏榭刂浦袊归_爭(zhēng)奪的情況下，矛盾日益激化。段祺瑞依靠曹汝霖等親日派官僚，急欲取得日本帝國主義的援助，積極主張對(duì)德、奧宣戰(zhàn)。但是參戰(zhàn)問題遭到黎元洪和多數(shù)國會(huì)議員的反對(duì)。

1917年5月黎元洪免去段祺瑞國務(wù)總理職。皖系便煽動(dòng)十余省區(qū)的軍閥通電“獨(dú)立”，發(fā)兵進(jìn)逼北京。7月，張勛乘機(jī)擁清廢帝溥儀復(fù)辟(見張勛復(fù)辟)。段祺瑞率兵討伐，在全國人民聲援下，迅速打敗張勛，重新控制政權(quán)。直系首領(lǐng)馮國璋雖接任北京政府總統(tǒng)﹐但無實(shí)權(quán)。

北京政府宣布：民國法統(tǒng)中斷，再造共和，決定另組國會(huì)、重議憲法。皖系不惜出賣國家利權(quán)，向日本大借外債，其中僅西原龜三經(jīng)辦的八筆借款就達(dá)一億四千五百萬日元。他們乘機(jī)編練“參戰(zhàn)軍”，擴(kuò)充皖系實(shí)力，鼓吹以武力統(tǒng)一全國。1917年秋發(fā)動(dòng)內(nèi)戰(zhàn)，妄圖消滅以孫中山為首的南方護(hù)法勢(shì)力。與軍事進(jìn)攻的同時(shí)，他們搜羅政客，組織安福俱樂部，指使地方軍閥操縱選舉，改選議員，孤立、排擠資產(chǎn)階級(jí)溫和派。1918年秋，組成以安福系議員占絕對(duì)多數(shù)的新國會(huì)，史稱安福國會(huì)。皖系軍閥又利用安福國會(huì)選舉徐世昌取代馮國璋任總統(tǒng)，壓制直系，以便實(shí)行一系專制。

皖系軍閥武力統(tǒng)一政策激起全國人民的公憤，也為直系將領(lǐng)所反對(duì)。直皖軍閥的權(quán)力爭(zhēng)奪日益加劇。1920年7月，直皖戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，皖系被直、奉軍擊敗。段祺瑞下野、皖系重要頭目被通緝，安福國會(huì)解散，北京政府由直系控制。皖系軍閥逐步被消滅。1924年11月，段祺瑞受國民軍、奉系、直系余部推舉，任“臨時(shí)執(zhí)政”，但他已不是作為皖系首領(lǐng)執(zhí)政，而只是各派軍閥爭(zhēng)奪權(quán)力的緩沖人物。