康熙二十二年(1683年)九月，清勒令盤踞在雅克薩等地的沙俄侵略軍撤離清領(lǐng)土。侵略軍不予理睬，反而率兵竄至愛琿劫掠，清將薩布素將其擊敗，并將黑龍江下游侵略軍建立的據(jù)點(diǎn)均予焚毀，使雅克薩成為孤城。但侵略軍負(fù)隅頑抗。康熙二十四年(1685年)正月二十三日，為了徹底消除沙俄侵略，康熙命都統(tǒng)彭春赴愛琿，負(fù)責(zé)收復(fù)雅克薩。四月，清軍約 3000人在彭春統(tǒng)率下，攜戰(zhàn)艦、火炮和刀矛、盾牌等兵器，從愛琿出發(fā)，分水陸兩路向雅克薩開進(jìn)。五月二十二日抵達(dá)雅克薩城下，當(dāng)即向侵略軍頭目托爾布津發(fā)聲通牒。托爾布津恃巢穴堅(jiān)固，有兵450人，炮3門，鳥槍300支，拒不從命。清軍于五月二十三日分水陸兩路列營(yíng)攻擊。陸師布于城南，集戰(zhàn)船于城東南，列炮于城北。二十五日黎明，清軍發(fā)炮轟擊，侵略軍傷亡甚重，勢(shì)不能支。托爾布津乞降，遣使要求在保留武裝的條件下撤離雅克薩。經(jīng)彭春同意后，俄軍撤至尼布楚(今涅爾琴斯克)。清軍趕走侵略軍后，平毀雅克薩城，即行回師，留部分兵力駐守愛琿，另派兵在愛琿、墨爾根(今黑龍江嫩江)屯田，加強(qiáng)黑龍江一帶防務(wù)。

沙俄侵略軍被迫撤離雅克薩后，賊心不死，繼續(xù)拼湊兵力，圖謀再犯。康熙二十四年(1685年)秋，莫斯科派兵600增援尼布楚。當(dāng)獲知清軍撤走時(shí)，侵略軍頭目托爾布津率大批沙俄侵略軍再次竄到雅克薩。俄軍這一背信棄義的行為引起清政府的極大憤慨。次年初，康熙接到奏報(bào)，即下令反擊。

七月二十四日，清軍2000多人進(jìn)抵雅克薩城下，將城圍困起來，勒令沙俄侵略軍投降。托爾布津不理。八月，清軍開始攻城，托爾布津中彈身亡，改由杯敦代行指揮，繼續(xù)頑抗。八月二十五日，清軍考慮到沙俄侵略者死守雅克薩，必待援兵，且考慮隆冬冰合后，艦船行動(dòng)、馬匹糧秣等不便，于是在雅克薩城的南、北、東三面掘壕圍困，在城西河上派戰(zhàn)艦巡邏，切斷守?cái)惩庠Ｇ致攒姳粐Ы辏瑧?zhàn)死病死很多，826名侵略軍，最后只剩66人。雅克薩城旦夕可下，沙皇急忙向清請(qǐng)求撤圍，遣使議定邊界。清答應(yīng)所請(qǐng)，準(zhǔn)許侵略軍殘部撤往尼布楚。雅克薩反擊戰(zhàn)結(jié)束后，雙方于康熙二十八年(1689年)七月二十四日締結(jié)了《中俄尼布楚條約》，規(guī)定以外興安嶺至海，格爾必齊河和額爾古納河為中俄兩國(guó)東段邊界。黑龍江以北，外興安嶺以南和烏蘇里江以東地區(qū)均為清朝領(lǐng)土。

此仗直接遏制了沙俄的東擴(kuò)，彼得一世大為震驚(此時(shí)他剛剛掌權(quán))，不得不將進(jìn)攻方向由“東擴(kuò)”改為“西進(jìn)”，為奪取波羅的海和黑海出海口而努力。