自滿清建國起，大喊滿蒙一家口號分化漢族和蒙古族。實行滿蒙結盟，乃是整個清代的國策，清廷根據蒙古封建主原來地位的高低和對其效忠的程度、功勞大小，分別授予親王、郡王、貝勒、貝子、臺吉等各種爵位，使他們享有各種政治和經濟特權。1648年(順治五年)又規定，蒙古王、貝勒、貝子、公年節來京朝覲，稱為年班。是清朝統治者為蒙古王公們所安排的禮遇，也是進一步籠絡、爭取、感化他們的特定的措施和政策。此外，每年要撥出大量銀兩、緞匹，以及俸祿等形式，賞賜蒙古貴族。清朝統治者還通過滿蒙親貴世代互通婚姻的辦法，緊密雙方的關系。

看起來，滿清朝廷非常優待蒙古，但實際上滿清在一方面籠絡蒙古貴族的同時，另一方面讓大量的蒙古牧民如同羔羊一樣軟禁在羊圈里，同時用喇嘛教讓蒙古人變成寄生人口，從而讓整個蒙古草原X病泛濫。這到底是怎么一回事？

事實上，滿清對蒙古的控制是非常嚴厲的。在康熙以后，幾乎每年都有大批內地民戶流遷到關外東北、口外蒙古以及新疆等地。對于內地民戶，清朝政府都用設置府州縣廳的辦法，與蒙古等盟旗制度，分別進行治理。象熱河設承德府，察哈爾地區設張家口、獨石口、多倫諾爾、豐鎮等廳，在土默特歸化城地區建薩拉齊、托克托、和林格爾，清水河等廳，新疆有鎮西府、迪化州，等等。清廷的此種做法，根本意圖還是想要嚴格區別移居漢民和原住民族，隔絕各民族之間的交往，不致互為影響。并且規定蒙古人到內地只能從山海關、喜峰口、古北口、獨石口、張家口、殺虎口六處入關。入關時登記人數，出關時仍照原數放出，而且除以上六個關口外，不得從其他關口出入。

同時，禁止蒙古人學習和接觸漢文化。嘉慶二十年諭：近年蒙古漸染漢民惡習，竟有建造房屋演聽戲曲等事，此已失其舊俗，茲又習邪教，尤屬非是，著交理藩院通飭內外札薩克部落，各將所屬蒙古等妥善管束。道光十六年規定，嗣后蒙古人，只準以滿洲蒙古字義命名，不準取用漢人字義。十九年又規定，蒙古王公臺吉等不準延請內地書吏教讀(學漢文)或充書吏，違者治罪。其公文呈詞，也不得擅用漢文。而且還禁止內地人出關種地和經商，內地出關經商者必須持有理藩院發的票證，而且限定一年期限，不準滯留各部娶妻生產，不準取蒙古名字等等。其目的在于強化封建統治，防止蒙、漢人民聯合反抗。

滿清通過這些嚴格的法律來隔離蒙古與內地漢族地區的交往，嚴格的游牧界限強化了草原民族的生態封閉性，而這一點恰恰與游牧社會的生產力要求不相符合，從而使蒙古人民無法獲得漢族先進的生產技術和生產工具，始終處于游牧的地位，三百年不能進一步的發展。

但最狠的還并不是限制了蒙古族的文化和經濟發展，而是通過在蒙古地區大力提倡喇嘛教，以宗教之名對蒙古實行統治。

在清代，尤其康熙朝后，清朝有目的地撥款興建以及王公、平民捐資興建的色彩鮮艷、造型奇特、宏偉壯觀的大小廟宇，遍布了蒙古各地。康熙至乾隆年間，在內蒙古宗教中心多倫諾爾以及熱河，清朝先后撥款興建了匯宗寺、善因寺、會心寺、溥仁寺、溥善寺、普寧寺、普佑寺、安遠寺、普樂寺、普陀宗乘廟、須彌福壽廟、廣安寺等20多座廟宇。撥款十萬兩銀子興建的善因寺賜予內蒙古宗教首領十五世章嘉呼圖克圖。順治至雍正年間，內蒙古西部以呼和浩特為中心，先后大興土木筑建了多個大小廟宇，喇嘛數達到三千余人。在阿拉善一帶也筑有30余座寺廟，盛時喇嘛數達到1萬余人。據不完全統計，在漠南大小寺廟共1000余座，喇嘛20萬以上。漠北喀爾喀從康熙朝起所興建的大小寺廟約有700余座。這些寺廟共有喇嘛10萬余人。喇嘛被免除兵役、徭役和賦稅負擔，這一政策實際上鼓勵了廣大平民棄俗從僧，使大批為生活所困的阿勒巴圖，云集各廟宇，念經修佛。

在清朝三百年中，朝廷規定一戶蒙古人如有三到五個男子，就必須有二到三個出家當喇嘛。而喇嘛是不能娶妻的，長此以往，人口必然下降。再則，男不婚女不嫁，自然嚴重的影響人口增長。

《馮玉祥自傳》中曾有這樣的記載：“談……滿清利用喇嘛教以統治蒙古人民，凡有兄弟八人者，七人須當喇嘛;兄弟五人者，四人須當喇嘛;僅有一人可為娶妻生子的平民。當喇嘛者有紅黃緞子穿，又可坐享優厚的俸祿。……”

蒙古部落被分割，建汗封王，以相牽制，最終勢力消散，無力與清廷抗衡。