1900年，在八國聯軍欲攻北京之時，慈禧太后又學起了當年咸豐皇帝帶她們逃往承德的一幕，慈禧太后挾持光緒帝和親貴大臣逃往西安，而派奕劻和李鴻章與聯軍談和。慈禧太后再次置國家于不顧，只顧自己性命地選擇了逃亡。而在開始逃亡之前，慈禧太后還不忘處死光緒帝心愛的妃子珍妃，這讓光緒皇帝非常痛心。

珍妃肌膚勝雪，白皙無瑕，五官清秀俊美，而且聰明伶俐，性格開朗，很得光緒皇帝喜愛。珍妃入宮時，不過十三歲，因年齡還小，不懂與人相處，漸漸得罪了皇后，這基本等于得罪了其姑姑慈禧。所以慈禧一直在等著拿下她的借口。而珍妃卻不知如何為人處事，她人雖小花錢卻大方，還常去打賞身邊的人，以至用度不足，又不會節省，她遂想了一個辦法，就串通太監，恃寵多次受賄賣官。因為有利可圖，當時太監中最有勢力的數人均染指其中。

慈禧知道后立即當面拷問珍妃，并讓人從其住處搜獲記有其賣官收入的一本賬本，于是在光緒二十年甲午(1894年)十月，光緒帝奉慈禧皇太后懿旨，將瑾妃、珍妃著降為貴人(第七等)，“以示薄懲”。根據清宮檔案記載，證實珍妃在十月二十八日這天遭到了“褫衣廷杖”，即扒去其衣服用粗棍打，皇妃遭此懲處，這在有清一代是極為罕見的，可見慈禧太后治人的兇狠手段。據說皇帝的老師翁同龢曾在慈禧面前為珍、瑾二妃求情，建議緩辦，但遭到拒絕。結果，不僅珍妃受到懲處，連瑾妃也受到妹妹的牽連。之后，珍妃被幽閉于宮西二長街百子門內牢院(也就是常說的“冷宮”)，從此與光緒隔絕，不能見面。

據說在降珍、瑾二妃為貴人的前一天，光緒帝在給慈禧請安時，慈禧鐵青著臉，不理睬他，光緒帝竟在地上跪了兩個多小時。最后慈禧惡狠狠地說：“瑾妃、珍妃的事，你不管，我來管。不能讓她們破壞家法，干預朝政。下去吧！”

后來八國聯軍入侵，慈禧準備逃到西安，決定臨走前處死珍妃。至于珍妃是如何被慈禧害死的，據《晚清宮廷生活見聞》中一位叫王祥的太監是這樣描述的：“王祥那個時候才二十幾歲，他清楚地記得，庚子年七月二十日，宮里亂七八糟的，西太后和光緒皇上都改變了裝束，就要逃出宮了。就在這當兒，她親自率領瑾妃和御前首領太監崔玉貴，王德環到了寧壽宮，把珍妃從三所(囚禁珍妃的住所)里提了出來。珍妃在這里不知道已經受了多少折磨。她被提到西太后跟前，我們從門縫里看到她戰戰兢兢，憔悴的樣兒。西太后究竟和她說了些什么，王祥沒有聽見。后來在場的太監們傳說，西太后對她說，現在太后同皇上就要離京了，本來想帶她走，但是兵荒馬亂的年月，萬一洋人入宮，出了什么事，丟了皇家的體面，就對不住祖宗了，讓她趕快自盡。還聽太監們傳說，珍妃對西太后說，皇上應該留在北京，但是還沒等珍妃說明道理，西太后就冷笑了一聲，搶白她說，“你死在眼前，還胡主張什么。”

這些傳說是不是實情，王祥說不能判斷。當時王祥從門縫里只看到珍妃跪在西太后面前，哀求留她一條活命，口里不斷呼叫“皇爸爸，皇爸爸，饒恕奴才吧！以后不再做錯事了！”

西太后氣狠狠地呼喝：“你死去吧！”

珍妃說：“我沒有應死的罪！”

老太后說：“不管你有罪沒罪，也得死！”

珍妃說：“我要見皇上一面，皇上沒讓我死！”

太后說：“皇上也救不了你，把她扔到井里頭去。來人哪！”

在場的人，有的眼里流著淚，像木雞似得呆站著，大概誰也不忍下手。

西太后怕時間耽擱久了，就接連著喊叫快點動手。崔玉貴走上前去，和王德環一起把珍妃扯過去，連挾帶提地把她丟到了井里去。珍妃臨危前，王祥還聽到她呼喚“李安達，李安達！”安達是對太監的尊稱。這是珍妃呼喚李蓮英，求他救救她。但李蓮英并沒有動，西太后慈禧就是這樣殘酷地把珍妃害了。