天啟七年(1627年)思宗朱由檢登位以后，嘉興貢生錢嘉征彈劾魏忠賢十大罪狀：一并帝;二蔑后;三弄兵;四無二祖列宗;五克削藩封;六無圣;七濫爵;八掩邊功;九傷民財;十通關節。思宗下令清查“閹黨逆案”。

一共清查出首逆同謀六人，交結近侍十九人，交結近侍次等十一人，逆孽軍犯三十五人，諂附擁戴軍犯十五人，交結近侍又次等一百二十八人，祠頌四十四人，共計二百五十八人，再加上漏網之魚五十七人，共計三百一十五人。

死前被公布罪狀、發配鳳陽，死后被碎尸萬段、懸首示眾，崇禎上臺后對魏忠賢的這一系列處置，在給當時的黑暗政壇帶來些許新鮮空氣的同時，也讓他贏得了圣明之君的歡呼頌揚。

然而，17年后，在李自成攻破北京城前夕，崇禎卻下密旨收葬魏忠賢的遺骸，墓址就選在了魏忠賢生前早已看好的香山碧云寺。

驚訝的是，崇禎在李自成大兵壓境的危急時刻，不把全部心思放在調兵遣將上，居然還有閑心做一件與御敵守城毫不相干的事情;而崇禎在國破人亡的慌亂絕望中，為什么會突然改變自己打倒和否定魏忠賢的初衷，重新審視魏忠賢的價值和功績，并出人意料地為其收集骸骨、修墳立碑。

明熹宗臨死前曾專門叮囑崇禎說，魏忠賢“恪謹忠貞，可計大事”。人之將死，其言也善。

朱由校在生命最后時刻對魏忠賢給予如此高的評價，固然摻雜著個人私情，但最主要的是他認識到了魏忠賢在處理“大事”方面的清醒和果決，尤其是在維護大局、知人善任、賞罰分明的關鍵問題上，在事關國家、民族生死存亡的政治立場上，所表現出來的深明大義和遠見卓識。

平心而論，魏忠賢為鞏固個人權勢，未免有黨同伐異、殘忍歹毒的罪惡一面，但從他曾經力排眾議、大膽起用遼陽戰敗后遭受讒言的熊廷弼，不徇私情、果斷罷免寧錦一戰中畏縮不出的袁崇煥，拋開私怨、違心推薦趙南星、孫承宗等一批能臣直臣等諸多方面，可以看出他還是心系國家、講求原則的。

魏忠賢主政期間，國內形勢良好，遼東局勢平穩，這層能力、這種魄力、這份功績，還是應該被認同和肯定的。

崇禎即位的時候，海內難民揭竿四起、關外清兵虎視眈眈，在這種內憂外患的嚴峻形勢下，朝廷迫切需要一位魏忠賢這樣富有處理軍國大事經驗和把握動蕩時局能力的“能人”來獨當一面，雖然無法扭轉國勢日衰、積重難返的敗亡趨勢，但也不至于在短時間內坍塌崩潰。

但崇禎為了整飭內政和平息民憤，更是為了報仇雪恨和獨掌大權，借著朝廷文武大臣的“倒魏”怒潮，以迅雷之勢徹底肅清了以魏忠賢為首的閹黨集團。

能夠不動聲色地一舉鏟除魏忠賢，一直是崇禎自我標榜的人生得意之作。

然而，正是由于過分欣賞自己的才干，過度迷信自己的能力，卻讓他從自信變得自負，最后變得剛愎自用。

魏忠賢死后，崇禎起用了倡導儒家思想的東林黨人，但在國內動蕩、邊關危急的存亡之際，那些擅長空談、治國乏術的文人儒將能有什么作為楊鶴對民風剽悍的起義軍實行“招安”，袁崇煥與狼子野心的皇太極私下“和談”，無不表現出東林黨人的庸俗、懦弱、酸腐和無能。

盡管崇禎志向遠大、勵精圖治、宵衣旰食、事必親躬，但他既無治國之謀，又無任人之術，加上他嚴苛、猜忌、多疑，對大臣動輒怒斥、問罪、砍頭、凌遲，其殘忍和冷酷與魏忠賢相比，有過之而無不及。

因為不相信文武百官，崇禎還頻繁地調整官吏，17年間他竟然換了17個刑部尚書和50個內閣大學士。

這種讓人噤若寒蟬、如履薄冰的高壓態勢，造成國家人才匱乏，有心報國的志士既不肯也不敢請纓效命。無奈之下，崇禎只好培植私人勢力，重新起用大批更加腐朽無能的太監，最終導致“十萬太監亡大明”的歷史悲劇。

崇禎十七年三月十四日，也就是他煤山上吊自殺殉國前的第五天，崇禎在大勢已去、大廈將傾的絕望中，在聽到太監曹化淳說的那句“忠賢若在，時事必不至此”的話之后，終于領會到天啟皇帝臨終前，強調魏忠賢“恪謹忠貞，可計大事”的深意所在。幡然醒悟的同時，無力回天的崇禎在精神上徹底崩潰了。

收葬魏忠賢遺骸，既是他對魏忠賢價值和功績的重新肯定，也是對自己17年執政生涯的全盤否定。

康熙四十年，魏忠賢墓被康熙皇帝下令夷平，這是后話。