南京保衛戰與南京大屠殺在時間上前后承接，它的失敗造成南京陷落，隨后發生了慘絕人寰的南京大屠殺。國民政府對南京市民疏散不力，留下嚴重的平民安全隱患，對于南京的防守部署不力，造成軍事撤退混亂，大批中國軍人滯留城內。這些因素擴大了南京大屠殺中遇難者的規模。

其實，自1937年8月淞滬戰爭開始后，南京就成為日軍空襲的重要目標，國民政府開展防空和抗戰的宣傳教育，各社會團體還開展了多種形式的抗日宣傳和捐款活動。到12月13日南京淪陷前夕，城市基本還在有序運轉。但實際上，國民政府應對戰爭的準備是有限的，特別是對南京城陷之后如何安置和保護市民并沒有詳細的計劃。滯留在南京的市民也缺乏基本的自我保護和救助意識。造成這種狀況與國民政府的宣傳誤導有很大關系。全面抗戰爆發以后，蔣介石及國民政府表現出堅決抗戰的高調姿態，并配合相關的舉措和宣傳，給民眾留下了國民政府堅守南京的印象。例如，在上海失守的當日，《中央日報》發表社論《告京市民眾》中稱：對于南京地方，政府“已設立了南京衛戍司令長官，統帥文武機關及全市民眾作守土自衛的打算。”此后，官方相繼報道了蔣介石、唐生智等表示堅守南京抗戰到底的言論。在堅守的表象之下，面對日軍的步步緊逼，對于如何安置和保護在寧市民，國民政府卻沒有詳細的計劃。

在南京失陷前后，國民政府各機關大多忙于政府機關的遷移工作，對于南京城陷后的善后工作以及民眾的安全問題并不關注。蔣介石固守南京的高調表態更使得南京市民不可能對戰爭狀態有正確的估計，他們也不可能有相應的戰敗后物質與心理準備。南京失陷前后，大批難民擁入城中的國際安全區，而在此前國民政府對于國際安全區的支持不夠，且安全區未得到日本的承認。因此，它們對于難民的安全保障和生活救助非常有限。

在侵華日軍南京大屠殺中，數十萬軍民被日軍屠殺，其中中國軍人大概在7-9萬人。而如此大規模的軍隊被俘虜、被屠殺，與南京保衛戰的戰略決策和指揮失誤密切相關。一方面，國民政府集合重兵固守南京的決策失誤是造成大批中國軍人滯留南京的根本原因。南京居長江之南，日軍對南京取分兵合圍之勢，國民政府在沒有足夠力量保證南京守軍可以安全有序撤離的情況下，集合十余萬的軍隊固守南京，這顯然是軍事策略上的重大失誤。蔣介石明知南京不可守，卻高調表態要死守南京，實際上是對參戰部隊做“遺棄性處置”。另一方面，作為南京衛戍司令的唐生智，對萬一城陷之后如何有序地組織撤退等善后事宜，也考慮不周。他為了迎合蔣介石而提出了“誓與城市共存亡”的口號，在挹江門阻止軍隊退往長江邊，并收繳渡江船只。按照唐生智的說法，此為：置之死地而后生。其結果：“死地”形成了，而“后生”則為泡影。加上軍事決策與指揮體制的缺陷，于是導致了南京淪陷后，中國守軍不能形成有效抵抗和有序撤退，直接造成了滯留城內的官兵陷入組織崩潰的境地，被俘官兵數以萬計，并成為日軍殘忍屠殺的對象。