瓊崖縱隊是中國共產黨在海南島領導的一支人民武裝，是以1927年9月海南島農民起義隊伍為基礎組建的。這支人民武裝在土地革命戰爭、抗日戰爭和解放戰爭中經歷了長期艱苦卓絕的斗爭考驗，創立了以五指山為中心的革命根據地。

抗日戰爭爆發后，瓊崖特委根據中國共產黨的抗日民族統一戰線政策，與國民黨當局經過一年多的談判，達成了團結杭日的協議，并于1938年12月5日在瓊山縣云龍圩將瓊崖紅軍游擊隊改編為廣東省民眾抗日自衛團第十四區獨立隊(以下簡稱獨立隊)，馮白駒任隊長。改編時約300人，編為3個中隊。

1939年2月10日，日軍以臺灣混成旅團一部，在海軍的支援下。在海南島北部的天尾港登陸，迅即占領海口、瓊山、定安、文昌等地。14日，日軍又以第五艦隊一部，在海南島南部的三亞港登陸，迅即占領三亞、榆林等地。爾后，日軍南北對進，海南全島遂告淪陷。國民黨守軍保安第十五團等部退入五指山區。

日軍登陸時，剛改編的獨立隊在國民黨軍撤退的情況下，毅然開赴南渡江的重要渡口潭口，冒著敵機的猛烈轟炸，構筑工事，阻擊日軍渡江。獨立隊的這一行動，在人民群眾中產生了良好的政治影響。此后，獨立隊以第一中隊在瓊山縣的云龍、道崇、三江、豐演，以第二、第三中隊在瓊山縣的咸來、樹德和文昌縣的大昌等地，開展統一戰線工作，發動群眾，擴大武裝。不久，與國民黨當局聯合成立了瓊崖戰時黨政處，頒布了《動員委員會組織條例》，在部分縣、鄉成立了保衛瓊崖動員委員會。由于這一時期瓊崖地區的國共合作較好，瓊崖抗戰出現了蓬勃發展的局面。各地的農民抗日協會、青年抗日協會、婦女抗日協會等抗日組織紛紛成立;許多失散的國民黨軍政人員要求獨立隊收編，共同抗日;不少國民黨軍隊和行政機關要求獨立隊派員協助加強政治工作，整頓組織;而獨立隊本身也迅速發展到1000余人。為了適應部隊迅速發展的形勢，1939年3月，中共瓊崖特委將獨立隊改稱獨立總隊，由馮白駒任總隊長，下編3個大隊。

獨立總隊成立后，中共瓊崖特委和總隊部即以第一、第二大隊于瓊山、文昌地區，以第三大隊于澄邁、臨高、儋縣、昌江、感恩地區，開展游擊戰爭。1939年3月中旬，第一大隊在瓊(山)文(昌)公路干線上的羅牛橋伏擊日軍的運輸車輛，擊毀汽車1輛，殲日軍大佐指揮官以下20余人。5月，第二大隊在海口市郊長村橋附近伏擊修路的日軍，繳槍7支。6月，第一大隊化裝潛入文昌縣城，襲擊日軍北門哨所，殲日軍數人。日軍遭獨立總隊連續打擊后，出動1000余人對瓊(山)文(昌)地區進行“掃蕩”。為牽制敵人，獨立總隊以第二大隊一部西渡南渡江，迸至瓊山縣龍塘、十字路、龍橋、府城和海口郊區活動，威脅敵心臟地區，并將游擊戰爭發展到海南島西部地區。從1939年2月至年底，第一、第二大隊在瓊文地區作戰70余次，殲日軍800余人，開辟了瓊崖抗日根據地。

為了發展海南島西部地區的抗日游擊戰爭，獨立總隊第三大隊于1939年冬組織了圍困那大日軍據點的戰斗。那大位于海南島西北部，是情縣、臨高、昌江、感恩、白沙五縣的交通樞紐，駐有日軍100余人及偽軍1個中隊，獨立總隊第三大隊決定聯合國民黨地方當局和動員群眾，采取圍困戰術將日軍擠走。戰前，在獨立總隊第三大隊的主持下，召開了陶江、南豐等8個鄉和游擊隊負責人會議，成立圍困那大行動委員會指揮部，在國民黨儋縣縣長和各鄉行政人員的支持下，組織工作隊深入群眾，建立各種圍困組織，參加圍困的有武裝人員400余人，群眾2000余人。10月下旬，圍困戰斗發起，第三大隊以兩個中隊及部分地方游擊武裝對那大之敵連續進行襲擾，以部分武裝人員帶領群眾在那大外圍嚴密警戒，切斷那大之敵與外界的一切聯系。至11月初，那大之敵因給養斷絕，孤立無援，被迫乘夜暗突圍向儋縣縣城逃竄。第三大隊進入那大后，未及逃跑的偽軍1個中隊全部就俘，繳槍60余支。那大戰斗的勝利，促進了海南島西部地區抗日游擊戰爭的開展。

為了發展海南島西部地區的抗日游擊戰爭，中共瓊崖特委于1939年12月決定將特委和總隊部轉移到臨高、儋縣、白沙交界的紗帽嶺地區，建立以那大為中心的抗日根據地。1939年1月下旬，特委及總隊領導機關率特務大隊向紗帽嶺地區轉移。2月中旬，轉移部隊抵達美合地區時，那大鎮已被日軍重新占領，特委及總隊機關不能繼續西進，于是決定留在美合地區創建根據地。

美合位于澄邁縣東南部山區，是控制屯昌、澄邁、臨高、儋縣的要地。獨立總隊進至美合后，迅速控制了美合周圍的仁興、南坤等鄉，并建立了100余人的民兵。與此同時，在儋縣、昌江、臨高等縣成立了第四大隊和第五大隊。同年夏，在美合建立了干部學校。9月，中共中央派莊田、李振亞抵瓊崖，加強了獨立總隊的領導和指揮。接著，整編了部隊，統一編成2個支隊，1個特務大隊和1個獨立大隊(亦稱第四大隊)，共3000余人。同時，充實了總隊領導機關，由馮白駒任總隊長兼政治委員，莊田任副總隊長，李振亞任參謀長，王業喜任政治部主任。

1940年1月下旬，中共中央指示瓊崖特委：海南島應作長期抗戰的打算，應以全島為目標，大力發展黨和武裝，開展民運工作，不顧國民黨的任何阻礙，堅決組織全島人民的抗日斗爭。要自力更生，把瓊島創造為爭取900萬南洋華僑的中心根據地。中共中央的指示，指明了海南島抗日游擊戰爭的發展方向。

獨立總隊的迅速發展壯大，引起了海南島國民黨當局的恐懼。從1939年下半年起，國民黨就不斷制造借口，限制獨立總隊的發展。獨立總隊始終以大局為重，據理交涉。但國民黨地方當局不僅不聽獨立總隊團結抗戰的勸告，反而于1940年11月7日，以保安第七團及部分地方武裝共3000余人向美合根據地發起進攻。在眾寡懸殊的情況下，獨立總隊被迫撤出美合，向瓊山、文昌地區轉移，于1941年1月進至瓊山縣樹德鄉。3月。國民黨軍保安第七團再次向獨立總隊發動進攻，獨立總隊根據中共中央的指示，堅決實行自衛反擊，殲頑軍一部于羅蓬坡。6月，獨立總隊又粉碎頑軍3000余人對瓊山文昌根據地的進攻。在反擊頑軍進攻的同時，獨立總隊于7月以兩個支隊的兵力襲擊日軍美德村據點，擊毀日軍軍車2輛，殲日軍60余人，繳獲機槍2挺，長短槍20余支。此后，第一、第二支隊向瓊山縣甲子鄉挺進，繼續鞏固和擴大瓊文根據地。

自1939年2月日軍登陸海南島至太平洋戰爭爆發，中國共產黨在海南島積極開展統一戰線工作，獨立自主地開展游擊戰爭，先后在瓊(山)文(昌)，樂(會)萬(寧)、澄(邁)臨(高)地區建立了根據地。1941年5月至11月，相繼成立了樂萬、文昌、澄(邁)臨(高)抗日民主政府或辦事處和瓊崖東北抗日民主政府，獨立總隊也由原來的300多人發展到3500余人。此外，還在許多縣、區、鄉建立了群眾性的抗日組織，其成員達5萬多人，從而使海南島的抗日游擊戰爭出現了蓬勃發展的局面。

1943年夏，總隊領導機關轉移到澄邁縣，挫敗日、偽軍的“蠶食”、“掃蕩”。1944年秋，獨立總隊改編為廣東省瓊崖抗日游擊隊獨立縱隊。1945年7月初，建立起白沙抗日根據地，繼而對日、偽軍實施反攻。

在抗日戰爭時期，瓊崖抗日游擊隊獨立縱隊沉重的打擊了海南島的日偽軍。至抗戰勝利，縱隊發展到7000多人，解放了海南島五分之三的地區。