康熙帝統一臺灣之后，沒有像漢武帝打匈奴、唐太宗戰突厥那樣，戰勝即走，得而復失。康熙帝對鄭克塽等以往之罪，盡行赦免，并從優敘錄，加恩安插，封鄭克塽為公、馮錫范為伯、劉國軒為天津總兵官，俱隸上三旗。他采取若干重大措施，特別是加以制度化。

第一，設府置縣。臺灣統一之后，如何進行管理，棄留兩議，廷爭未決。康熙帝也在征求一些大臣的意見：

康熙帝問：“然則棄之乎？”

李光地答：“應棄！”

康熙帝問：“如何棄法？”

李光地答：“空其地，任夷人居之，而納款通貢，即為賀蘭（荷蘭）所有，亦聽之。”（李光地《榕村續語錄》卷一一）

李光地等人為“得其地不足以耕，得其人不足以臣”，而主張“遷其人，棄其地”，就是將島上兵民遷到內地，而將島上土地給荷蘭人。靖海將軍施瑯認為不可棄地、不能遷民。他認為：“慮事計其久遠，防患在圖于未然。”（《清史列傳》卷九《施瑯》）他上《恭陳臺灣棄留疏》說：

臺灣地方，北連吳會，南接粵嶠，延袤數千里，山川峻峭，港道紆回，乃江、浙、閩、粵四省之左護；隔離澎湖一大洋，水道三更余遙……棄留之際，利害攸關。臣思棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圉。（施瑯《靖海紀事》下卷）

經過在福建官員會議、朝廷會議討論，康熙帝從施瑯議，命在臺灣設一府三縣——臺灣府，臺灣（今臺南）、鳳山（今高雄）、諸羅（今謝遂《職貢圖》之“諸羅縣內山阿里等社歸化生番”嘉義）縣。臺灣府隸屬福建省。爾后，光緒十一年（1885年）九月，清朝“改福建巡撫為臺灣巡撫”，正式建立臺灣行省，劉銘傳為第一任臺灣巡撫。

第二，駐扎軍隊。設總兵官1員、副將1員、參將2員，率兵八千，駐防臺灣；設澎湖副將1員、兵兩千，鎮守其地。

第三，開放海禁。清初海上反清活動很多，曾下禁海令：寸板不許下海；又下遷界令：東南近海居民內遷50里，房屋棄毀。統一臺灣后，康熙帝又從施瑯建議，開海禁，通貿易。海禁一度開放。

第四，建設臺灣。康熙時開始在臺灣府建府學，在臺灣、鳳山、諸羅三縣分建縣學，在番民中建社學，鑄康熙錢。康熙朝纂修《康熙臺灣府志》、《康熙臺灣縣志》、《康熙鳳山縣志》和《康熙諸羅縣志》。臺灣人始參加福建鄉試。泉州人陳賴章與番民簽約，開始在臺北墾荒種田。康熙四十四年（1705年）冬，臺灣鬧饑荒，康熙帝命蠲免臺灣、鳳山、諸羅3縣糧米。康熙帝還將宮苑內的西瓜籽賜到臺灣種植。在康熙朝臺灣重歸版圖的近40年間，臺灣的經濟、貿易、社會、文化、教育，都得到很大的發展。

康熙大帝統一臺灣，做得干凈、利索、漂亮、成功。康熙帝統一臺灣的歷史經驗：一是時機抓得好，二是主帥用得好，三是善后制度好。康熙帝統一臺灣表明，他已經是一位成熟的政治家。

附錄一：關于鄭成功收復臺灣的時間

《辭海》“鄭成功”條說：“康熙元年（1662年）二月一日，荷蘭總督揆一投降，臺灣重回祖國懷抱。”這種說法有欠缺：其一，二月一日應是陽歷，而不是陰歷；其二，1662年2月1日，實際上是順治十八年十二月十三日。康熙元年正月初一日應是公元1662年2月18日。事情雖發生在公元1662年2月1日，卻是順治十八年十二月十三日，本月末為二十九日，這時距康熙元年元旦還有16天。因此，從帝王紀年方面，說鄭成功收復臺灣在順治十八年（1661年）可以，說鄭成功收復臺灣在康熙元年（1662年）不可以；從公元紀年方面，說鄭成功收復臺灣在1662年可以，說鄭成功收復臺灣在1661年不可以。

附錄二：關于“破肚將軍”的記載

康熙間，澎湖之戰，漳浦藍軍門實為前茅。賊艦蔽江，迎敵，炮中過腹，腸出矣，血淋漓。公族子法為掬而納諸腹中，四弟瑗傅以衣，五弟珠持匹練連腹背交裹之。公大呼殺賊，不暇顧也。有紅毛醫能治之，卒無恙。臺灣平后，公入都，抵趙北口，遇圣駕出水圍，馬凝立不及避，乃舍騎，步入粱園中。駕至，遣侍衛問誰騎。公乃出曰：“臣藍理從福建來者。”上問：“是征澎湖時拖腸血戰之藍理邪？”公奏曰：“是。”召至前，問血戰狀，解衣視之，為撫摩傷處，嗟嘆良久。嗣專閫吾浙，每遇南巡，迎謁圣駕，見公輒語諸王公以拖腸血戰狀。又引見皇太后曰：“此破肚將軍也！”（陳康祺《郎潛紀聞三筆》卷四）