“讓出”總統，段祺瑞決定踏踏實實地當總理。當然，他要當的總理可不是袁世凱時代的虛位總理，而是責任內閣制下的實權總理。

自民國初建以來，責任內閣制的行政主導體制便在“臨時約法”中得到確認，但在袁世凱當政時期，內閣并不居于主導地位。想當年，宋教仁為實現這一政治理想舍命奔走，直到臨死都未能如愿，現在卻要依靠段祺瑞來完成了。

如同支持黎元洪繼任總統一樣，各國對段祺瑞組閣也均表現出樂觀其成的態度。他們對中國各派政治軍事力量及其頭面人物的情況進行了分析，認為南方各派尚成不了氣候，只有段祺瑞能暫時控制住中央政權，并鞏固和擴大各國在華利益及影響。

國內方面，首先涉及到北方的幾個政界大佬，其中黎元洪已經做了總統，同時其在北方的聲望又無法與段祺瑞相提并論，他就算是為了保住總統寶座，也得依賴于段祺瑞。

另外兩位，徐世昌在北方的聲望高于段祺瑞，可是實力不濟，同時又無法融洽與南方的關系。馮國璋的實力倒不錯，也是北洋系中唯一一個能與段祺瑞匹敵的角色，然而政治影響力和號召力也不及段，并且他身居長江下游的南京，做個地方實力派首領固無問題，要爭奪中央政權就鞭長莫及了。

此時的中國雖然尚未形成歷史上又一個南北朝，但南北兩派勢力已經涇渭分明：長江以北，基本上是北洋系的天下，長江以南則存在著多種政治軍事力量及其頭面人物，除了以馮國璋為首的北洋地方實力派外，還包括西南地方實力派、以梁啟超為首的進步黨人、以孫中山為首的國民黨人等等。

總的來說，南方各黨各派都肯定了段祺瑞在“二造共和”中的表現，同時認為他是解決時局的核心人物。護國運動的發起者、梁啟超的學生蔡鍔早在袁世凱取消帝制時，就提出了“總理攝政”的主張，后來又曾通電表示：“時事多艱，非芝老(段祺瑞)莫勝此任。”

段祺瑞當政后，所做的第一件大事就是統一南北。在他發出相應號召后，陜西、四川、廣東在三天內就取消了獨立，接著云南、廣西也電告各方，表示支持段祺瑞組閣。

但是，南方各黨各派支持段祺瑞也是有條件的，其中關鍵的條件就是要求廢除“民三約法”，迅速恢復“臨時約法”和重開國會。

段祺瑞嘗到過被國會當眾質問以及議案無法通過的苦頭，他的本意是繼續“民三約法”，以避免國會重開后自己受到掣肘。南方各黨各派識破后，立即群起圍攻，近一個月的新舊約法之爭由此而起，段祺瑞新內閣的組成亦不得不一再推遲。

面對南方巨大的反對聲浪，段祺瑞被迫做出讓步，表示政府對恢復“臨時約法”一開始就沒有起見，目前需要的只是研究如何恢復的方法問題。

這是段祺瑞用來進行拖延的一個政治花招，如果不靈，他還準備了硬的一手，即以辭職相威脅。

不料硬的碰到了更硬的。1916年6月25日，駐滬海軍突然宣布獨立并加入了護國軍。

在二次革命和護國戰爭中，袁世凱曾用海軍運兵南下，對獨立省進行鎮壓和威脅。現在海軍加入護國軍，反過來對北洋政府形成了嚴重威脅——在擁有制海權和海上運兵工具之后，護國軍橫可進入長江，縱可到達津沽，甚至直接開入北洋政府的核心區域。

段祺瑞頓感事態嚴重，經過反復考慮，他決定接受南方關于約法和國會的要求。6月29日，經段祺瑞等人副署，黎元洪公布申令，宣布遵行“臨時約法”。同一天，黎元洪又宣布依據“臨時約法”，于兩天后重開國會。

新舊約法之爭至此告一段落，段祺瑞組閣的障礙也隨之解除。黎元洪重新任命段祺瑞為國務總理，并由段祺瑞出面組織新內閣。