在萬歷“爭國本”事件中，和萬歷帝抗爭得最強硬的那批名儒士大夫們，后來大多成了赫赫有名的東林黨人，并且多是其中的中堅分子。

這“東林黨”在明季政治格局中，乃是不可不書的重要一筆。

關于東林黨形成的時間，一直有兩說，一說是萬歷二十二年(1594年)，一說是萬歷三十二年(1604年)，兩說的年份差距比較大。其實這兩說都有各自的道理，區別只在于看以什么標準來區分而已。

事實上東林黨成為一個政治團體雛形，確實始自萬歷二十二年，但其大本營“東林書院”落成卻在萬歷三十二年，因此這兩說其實都沒錯，都可以說得通。

在萬歷二十一年(1593年)的“癸巳京察”發生后，被革職還鄉的大儒顧憲成，在常州知府歐陽東鳳、無錫知縣林宰的資助下，與其弟顧允成開始修復始于宋代的東林書院，和錢一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼等名士在那里講學，并于“講習之余，往往諷議朝政，裁量人物”，支持他們的部分當地士紳、朝野政治人物及周邊城市的鄉土勢力，也逐漸聚集在一起，其中以江南士人為多，慢慢地形成了一個以東林書院諸人為核心的松散型政治集團，這當然會引起其他政治權利集團的注意和攻擊，即《明史》所謂之“朝士慕其風者，多遙相應和。由是東林名大著，而忌者亦多”。

到了萬歷三十二年十月，東林書院正式落成，宣布以《白鹿洞學規》為章程，其中有“四要二惑九益九損”等條款，并定下每月大會之期，此時東林勢力可以算正式大成。

當時東林黨人的主要對手，是萬歷帝身邊的宦官們以及朝中的齊、楚、浙諸黨，又由于到了天啟時期這三黨成員大多已依附于大宦官魏忠賢，所以有時這三黨也會被直接劃入廣義的“閹黨”體系。

相對而言，東林黨人初期的政治主張和政治目的，是要求政治清明，致力于維護社會安定、促進生產力發展，同時他們的成分構成也比較復雜，綜合了在野、在朝的知識分子及部分地主、工商業者，因此得到了當時社會各階層的廣泛支持，但同時也遭到了和萬歷有近水樓臺之便的內閣及宦官勢力的猛烈狙擊。

到了天啟中期，宦官魏忠賢終于一枝獨秀地獲取了天啟帝的寵信，形成了繼權宦劉瑾之后明朝勢力最強大的一個“閹黨”集團，齊、楚、浙諸黨則因先前遭到了東林黨人的沉重打擊，也先后依附于魏忠賢。他們和東林黨人的斗爭，也逐漸從純粹的朝議疏章之爭轉變為慘烈的生死之爭，達到了雙方斗爭的最高峰。

天啟四年(1624年)，東林黨人楊漣因彈劾魏忠賢二十四大罪去職，于次年被捕，并與左光斗、周順昌等人一起下獄被殺。魏忠賢為徹底消滅東林黨，隨即主使編寫了《三朝要典》，并借“紅丸”、“梃擊”、“移宮”三案毀東林書院，東林黨中堅分子顧大章、高攀龍、魏大中等人也先后被迫害致死。齊、楚、浙三黨則趁機效仿，將東林黨人名單在全國張榜，一榜之上有百人到五百多人不等，上榜者生者削籍，死者追奪，魏忠賢的各路黨羽又先后做了《東林點將錄》等名錄，把著名的東林黨人分別冠以《水滸傳》一百零八將之綽號，以此為點名手冊，試圖徹底消滅東林黨。

這場以魏忠賢為首的閹黨對東林黨人的血腥迫害，直至崇禎帝登基消滅魏忠賢集團，為東林黨人平反昭雪后才得以停止。

然而，這并不意味著兩黨的斗爭就此結束了，實際上崇禎二年的“袁崇煥冤案”，就是這一政治斗爭的延續。東林黨和三黨及閹黨之爭，是明朝最厲害的黨爭，也是持續時間最長的黨爭。雙方的爭斗自萬歷年間開始，一直持續到南明滅亡還在繼續，而且始終是晚明朝野政治格局和權利斗爭的重中之重。雙方斗爭的主要武器之一，基本就是前面說的“紅丸”、“梃擊”、“移宮”三案，一般誰當權，誰就會以這三案來打擊對方，到了崇禎朝則多了魏忠賢的“閹黨逆案”這一武器，甚至到崇禎朝被滅，此類斗爭也依然如故。