明安宗朱由崧即位后于三月上明熹宗懿安皇后謚號孝哀慈靖恭惠溫貞偕天協圣悊皇后，六月追封祖母鄭貴妃為孝寧太皇太后。父福恭王朱常洵為貞純肅哲圣敬仁毅恭皇帝(后改謚孝皇帝)，立廟于南京，墓園稱熙陵。上嫡母鄒氏尊號為恪貞仁壽皇太后。生母姚氏為孝誠端惠慈順貞穆符天篤圣皇后。贈洛陽城陷時遇害的胞弟潁上王朱由榘為潁王，謚曰沖。六月上崇禎帝廟號為思宗(弘光元年二月改上廟號毅宗)，謚號紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝;上崇禎帝周皇后謚號孝節貞肅淵恭莊毅奉天靖圣烈皇后。七月追復懿文太子朱標廟號興宗，謚號和天敬道憲懿勤敏淳文度武明仁慈孝康皇帝。興宗皇后常氏為孝康皇后。追上建文帝廟號惠宗，謚號嗣天章道誠懿淵功觀文揚武克仁篤孝讓皇帝。惠宗皇后馬氏為孝愍溫貞哲睿肅烈襄天弼圣讓皇后。追上景泰帝廟號代宗，謚號符天建道恭仁康定隆文布武顯德崇孝景皇帝。代宗廢后汪氏為孝淵肅懿貞惠安和輔天恭圣景皇后。

明昭宗朱由榔即為后上堂兄弘光帝廟號安宗，謚號奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝簡皇帝;上伯父朱常洵廟號恭宗，謚號慕天敷道貞純肅哲修文顯武圣敬仁毅孝皇帝;上父桂端王朱常瀛廟號禮宗，謚號體天昌道莊毅溫弘興文宣武仁智誠孝端皇帝;上隆武帝廟號紹宗，謚號配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝襄皇帝;上嫡母呂氏謚號孝欽靜淑慈敬天昭豫保康圣端皇后;嫡母王氏謚號孝正莊翼敦仁端惠天圣皇太后;上生母馬氏尊號為昭圣慈惠仁壽皇太后。

九月初三，弘光帝下令為北京殉難諸臣上謚號，文臣二十一人、勛臣二人、戚臣一人。隨后又給郢國公馮國用、宋國公馮勝、濟國公丁德興、德慶侯廖永忠、長興侯耿炳文等開國功臣追上謚號;給方孝孺、齊泰、黃子澄、陳迪、景清、卓敬、練子寧等建文朝死難諸臣，蔣欽、陸震等正德朝死諫諸臣，左光斗、周朝瑞、周宗建、袁化中、顧大章、周起元等天啟朝死難諸臣均補上謚號，并為他們平反。

國策

明末清初，中國社會的主要矛盾，史學界有不同意見。

有的人認為從清軍入關占領北京起，民族矛盾就成了主要矛盾;也有人認為由明至清階級矛盾一直處于主要地位。

所以南明初期的主要政策是“聯虜平寇”，意思是聯合清朝掃滅“流寇”。可以說“聯虜平寇”(或稱“借虜平寇”)是弘光政權的基本國策。

但是隨著時局的變化，弘光政權卻被“聯虜平寇”方針所葬送，數十萬官軍叛降清朝，反過來為清朝征服江南各地效犬馬之勞。隆武政權以后，朝廷改變方針，由“聯虜平寇”轉為聯合農民軍共同抗清，即“聯寇抗清”。

但是后期因為內部不和逐步被清軍分化瓦解，農民軍和南明諸政權紛紛被清軍消滅。

黨爭

東林黨與閹黨之爭，一直延續到南明時期;阮大鋮打擊東林黨人向來不遺余力，本來阮大鋮和東林諸君子關系不錯，但受到趙南星的打壓，最后倒向閹黨。當時東林黨人力主擁立潞王，史可法寫信給馬士英說明福王“七不可立”，馬士英卻搶先擁立福王。史可法在東林黨與閹黨之間兩難。《桃花扇》記載阮大鋮刻意逢迎復社的吳應箕、沈昆銅、沈眉生等人，結果反被責打一頓，后來阮大鋮成為弘光朝重臣，隨之展開報復行動。

永歷朝又有吳楚黨爭，主要是“東勛”李成棟養子李元胤及杜永和等和“西勛”陳邦傅以及瞿式耜節制的將領之間的斗爭，楚黨的幕后人物為李元胤、袁彭年、丁時魁、蒙正發。吳黨有瞿式耜、堵胤錫、陳邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤錫等人主張聯合原農民軍，何騰蛟、瞿式耜則排斥農民軍。吳、楚黨爭使得南明與大順軍、大西軍的戰力始終無法整合，最后亡于清軍之手。

選秀

弘光朝

朱由崧即位后，下令選淑女入宮，派宦官于南京城中四出搜巷，凡是有女之家，必以黃紙貼額，持之而去，南京城中騷動。朱由崧又下令修西宮西一路為慈禧殿，以安置繼母鄒太后。當年八月鄒太后自河南至南京，八月十四日諭戶、兵、工三部“太后光臨，限三日內搜括萬金，以備賞賜”。八月十六日御用監又令造龍鳳床座、床頂架、宮殿陳設金玉等項，越數十萬兩。造皇后冠，命內臣采購貓兒眼、祖母綠及大珠重一錢以上者百余顆。崇禎十七年除夕，弘光帝獨坐興寧宮中，愀然不樂。太監韓贊周問道：“宮殿新落成，皇上應當歡喜，而悶悶不樂，是思念皇兄嗎？”弘光帝不應，繼而回答說：“梨園殊少佳者”。弘光元年(1645年)正月，弘光帝又下令修南京奉先殿、午門及左右掖門，并派太監田成至杭州、嘉興二府選淑女。四月甲子，弘光帝在南京貢院選淑女，七十人中選中一人，即阮大鋮的侄女。四月壬戌，杭州送來淑女五十人，弘光帝選中周姓一人，王姓一人。

隆武朝

朱聿鍵登基數月，不選秀，只皇后曾氏一妻，不選太監入值，只以貼身的親信入值司禮監。

永歷朝

朱由榔登基詔書：特諭不立東廠，不選宮人。