吳三桂投降清朝后，放清軍進入了山海關，多爾袞以順治帝的名義封吳三桂為平西王，并撥給他一萬精兵，讓他充當急先鋒，去追擊李自成，在知道自己的家人慘死在李自成手下時，吳三桂怒火中燒，在受命后星夜兼程，勢要取得李自成的項上人頭。

拿下北京的李自成已經沒有了闖王的豪情，他的軍隊也完全喪失了銳氣，只知道燒殺搶掠，奸淫作惡，而李自成則忙著稱帝，他匆忙在武英殿舉行了登基禮，燒了紫禁城，殺了吳三桂一家三十多口。面對吳三桂強烈攻勢，李自成從北京到西安一路撤退，為了穩定局面，安撫人心，在退兵途中他還采取了一系列政治經濟改革，希望能打好政權基礎，卷土重來，但是此時的大順政權早已不得人心，李自成的這些舉動也就沒什么意義了。

不久，大清的軍隊終于打進了北京城，多爾袞終于實現了努爾哈赤以來大清多年的夢想，欣喜若狂的多爾袞急切地進入武英殿，臨朝視事。與李自成不同，多爾袞明白“得天下易，治天下難”的道理，他首先為崇禎舉行了重大喪禮，一次來迎合前明官員和百姓的心情，也表示了大清王朝的合法性和正統性。接下來又張貼告示，宣布對前明官員概不問責，只要投降大清，就可官復原職，甚至加官進爵。對于百姓，則要求八旗官兵嚴肅軍紀，不能騷擾。更為可貴的是，多爾袞還頒發詔令暫時停止了漢人要剃發留辮的要求，以避免引起官民的反抗。這些措施極大的贏得了民心，為清朝統治奠定了基礎。

隨后吳三桂帶領的清軍尾隨李自成一路南下，很快就控制了山西、河南的大部分地區。過了一年后，鎮守關中的門戶潼關的大順將領馬世耀竟然不戰而降，被多爾袞下令殺掉了。李自成得知這個噩耗，心中慌張，戰意全無，在這個危急存亡的關頭，李自成下令全軍收拾金銀細軟，撤離西安，甚至想再燒掉城池，幸虧他的部將田見秀陽奉陰違，西安的百姓才逃過這次劫難。

此時的大順政權搖搖欲墜，人心渙散，李自成退出西安后，一路向南，經陜南進入湖北，戰略性錯誤使他再次陷入了被動，重新成為明清兩方共同的敵人。當他在湖北盤桓時，清軍已經尾隨而至，李自成不得不落荒而逃，最終，在江西九江附近，清軍包圍了李自成的主力部隊，經過一場慘烈的打斗，大順軍幾乎全軍覆滅，劉宗敏、宋獻策等許多重要將領或戰死或被俘，李自成僅率領一萬余人西撤到湖北南部山區繼續戰斗。

后來，李自成率軍到達九宮山一代，此后便失去了蹤跡。數萬大順軍也像蒸發了一樣，一下子找不到了，關于李自成的結局，后人提出了許多看法：

1、自縊。據說李自成由于屢戰屢敗，最終又被武裝的鄉民包圍，于是選擇自縊身亡。這一說法是清軍負責追擊李自成的的統帥英親王阿濟格給清廷的報告，這個報告的爭議也很大，。由于阿濟格并非李自成死亡的親眼目睹者，又是在官方奏報中提及此事，可信度未必很高。

2、戰死。根據當地地方志和族譜的記載，確實有當地居民斬殺流寇的記錄，例如，《通山縣志》記載：“九伯聚眾殺賊首于小源口”;《程式宗譜》記載：“剿闖賊李延于牛跡嶺下”。但是這些也不能作為李自成死亡的證據。

3、誤殺。根據清人筆記記載，李自成是在拜謁九宮山上的元帝廟時，被當地鄉民誤以為是土匪流寇，從背后襲擊而死的。這一說法太過傳奇了，也不太可信。

由于沒有辦法“死要見尸，活要見人”，李自成的生死便成了一樁千古疑案。

但是，李自成能從一介布衣，成為指揮數萬兵馬，縱橫天下，還能進京稱帝的人物，已經足夠被稱為英雄豪杰。無論對于明與清，他都是一個可怕的對手，李自成死了，剛剛入主北京的清王朝去除了一個心腹大患，接下來，就是要考慮怎么才能避免下一個“李自成”不再出現的問題。