聽說朱升很有學問，朱元璋就學劉備三顧茅廬，“微服從連嶺出石門，親臨其室”。聽說鎮江的秦從龍學問很大，朱元璋特地派侄兒朱文正和外甥李文忠前去邀請，并特意遠出南京城門迎接，安排他和自己住在一起，“事無大小，悉與咨謀”，“稱先生而不名”。每年秦從龍生日，朱元璋“皆有贈遺，或親至其家，與之燕飲，禮遇甚厚”。秦從龍感激得見人就流淚訴說朱的知遇之恩。

知識分子瞧不起他這個出身寒微的山大王，他也不以為忤，而是愈加低聲下氣。劉基“自以仕元，恥為他人用”，說什么也不肯出山。朱元璋叫處州總制孫炎派人力請，又叫劉的朋友陶安和宋濂分別贈詩勸說。軟磨硬泡，終于把劉基請了出來。朱大喜過望，專門建了禮賢館給劉基等人居住，跟劉基說話，從來都稱“老先生”，在給劉基的信中這樣開頭：“元璋頓首奉書伯溫老先生閣下”(《慰劉基書》、《諭劉基書》，《全明文》卷34)，語氣恭敬虔誠得無以復加。

朱元璋的知識分子工作，做得確實太到位了。他的謙虛、熱情、耐心、豪爽、推心置腹傾倒了大批文化人。知識分子紛紛說，“吾輩今有主矣”，死心塌地為他賣命。朱元璋的投入獲得了百倍回報，最終獨步天下。論者多以為，朱元璋的知識分子政策是他最終從群雄中脫穎而出的根本。方孝孺就說：“地大兵強，據名號以雄視中國者十余人，皆莫能得士;太祖高皇帝定都金陵，獨能聘至太史金華公(宋濂)而賓禮之。”

建國之后，隨著形勢的發展，朱元璋的知識分子政策也發生了變化。開國之初，百廢待興，各條戰線急需人才。為充實官僚隊伍，朱元璋掀起了一次訪求知識分子高潮。他繼續以前的老辦法，命人攜帶大量金錢分赴各地尋訪人才。對知識分子還是堅持“給足面子”，囑咐使臣們：“求賢之道，非禮不行……有司盡心詢訪，必求真材，以禮敦遣。”

不過，朱元璋這時的知識分子政策已由一手變成了兩手。天下未定之際，讀書人不出山他不硬逼。因為逼急了，這些人有可能跑到他的對手那里去。他只能擺出寬懷大度的樣子，置之不問。如今天下已經姓朱，讀書人無處可逃，所以對那些太不給面子的知識分子，朱元璋不再介意偶爾顯露一下自己的獠牙。江西貴溪的夏伯啟叔侄不愿在新朝當官，干脆把自己左手的大拇指砍掉，以示決心。朱元璋聞訊大怒，把夏伯啟叔侄抓到南京，親自審訊，梟首示眾，全家籍沒。蘇州人姚潤、王謨，同樣因為“被征不仕”，“皆誅而籍其家”。

《明朝小史》更記載：“帝既得天下，惡勝國頑民，竄入淄流，乃聚數十人，掘一泥坑，特露其頂，而用大斧削之。一削去頭數顆，名曰‘鏟頭會’。”就是說，他痛恨那些托身寺廟的遺民，將他們埋入地中，止露其頭，用大斧削去，稱為“鏟頭會”。

在朱元璋以前，雖然君權嚴重，士大夫階層還是享有一定程度的人格獨立。“山林隱逸”不但被寬容，甚至被尊崇。這是傳統社會留給人們最后一塊自由呼吸的空間，朱元璋卻毫不猶豫地封殺了。他認為，這些拒絕與他合作的人必定是看不起他這個前乞丐。他發布命令：“率土之濱，莫非王臣。寰中士大夫不為君用，是自外其教者，誅其身而沒其家，不為之過。”這就是所謂的“寰中士大夫不為君用”罪。天下是他朱元璋的天下，所有讀書人都是仰他朱家的陽光雨露而活，不為他朱家服務，就是滔天大罪。

胡蘿卜加大棒政策效果十分明顯。天下知識分子再也不敢東躲西藏，都老老實實出來為新政權服務。大明王朝的官僚體系迅速建立，國家機器按計劃有效運轉起來了。到了晚年，朱元璋對知識分子大開殺戒。于是洪武朝的知識分子，遭遇了人類史上罕見的浩劫，上流精英幾乎被一掃而光。雖然朱元璋越來越看不起知識分子，但他對知識分子的防范戒備心理卻絲毫沒有放松。起因是“士誠小人”這個典故。

洪武初年，因不滿朱元璋的重文輕武，一位武臣對朱元璋大講知識分子的壞處。他說，這些人心胸狹窄，嘴巴又刻薄，經常變著法地罵人：“讀書人用心歹毒，特擅譏訕，如不警覺，即受其愚弄。”還說張九四(張士誠)原為優禮文人，請他們給自己改名，哪成想他們竟給他取名“士誠”。朱元璋說，這名字很好啊，有什么毛病？

武臣說：毛病大了去了。我的幕僚跟我講，《孟子》上說了，士，誠小人也。這是罵張士誠小人啊！朱元璋聽后，立即找《孟子》來查，發現果然有這句話。他不禁竦然而驚：張士誠也算半個君王，給人叫了半輩子小人，到死都不知道，真是可憐。無非是讀書人欺負他鹽販子出身，瞧不起他，才敢這樣捉弄他。而他朱元璋出身和尚乞丐，肯定更被他們瞧不起。從此朱元璋就開始對文臣們大起疑心，閱讀奏章也多了個心眼兒。

朱元璋口口聲聲稱自己是“淮右布衣”、“江左布衣”、“起自田畝”、“出身寒微”，顯得十分豪爽坦率。但這些話只能他自己說，別人可千萬不能說。實際上，做過乞丐與和尚一直是朱內心深處最大的一塊傷疤，萬萬觸碰不得。大明臣民其實誰也沒有膽子也沒有興趣當著朱元璋提這壺水，但朱元璋卻成天疑神疑鬼，防范過度，自己暗暗制定了一系列奏章“敏感詞”。但凡“光”、“禿”、“僧”等與和尚沾邊的字眼兒，都會犯他禁忌。因為是起義起家，所以也討厭人提“賊”和“寇”。大臣們慢慢知道了他的忌諱，就不再用這些字，朱元璋卻更不放心，總懷疑別人會更加拐彎抹角地罵他，遂將防區無限擴大，到了極為可笑的程度。比如“生”字，因為音近乎“僧”，在他看來就不懷好意;“則”字也很危險，因為“則”在淮西方言中發音與“賊”同。

因為這些秘密的敏感詞兒，無數人人頭落地。慘烈浩大的洪武文字獄，一方面反映了朱元璋的殘酷，另一方面也反映了他在知識分子面前無法消除的深刻的自卑心理。