在大秦帝國軍消滅了東方六國后，秦始皇把統一的目光放到了南邊的百越之地，發動了對百越的戰爭。百越戰爭是秦始皇最艱難戰爭秦軍五十萬大軍雖然在兵力上占絕對優勢，在裝備上更是要遠遠超過百越部落軍隊，但是戰爭的過程卻令秦軍感到了戰前從未想到的艱苦和壓力，在戰前，秦軍考慮到了糧草可能會出現問題，也考慮到了南方炎熱的氣候對于大部分出生在北方的秦軍士兵的不適應;但是秦軍到了兩廣后才發現，戰場環境的惡劣以及敵軍的超乎尋常的兇悍頑強都是以前始料未及的。

在史書上記載了以西甌軍為主力的百越軍隊的頑強抵抗，百越軍在首領"譯吁宋"的率領下與秦軍進行了慘烈的激戰，秦朝大軍步步艱難，節節受挫，損兵折將，遲遲不能進入越人的世居領地，在戰爭中，百越軍在首領"譯吁宋"戰死后又馬上另選了新的首領，并全線退入山地叢林中與秦軍繼續作戰，百越軍甚至不惜與野獸為伍，至死不投降秦軍，并且不斷對秦軍部隊進行偷襲，切斷秦軍糧道，迫使秦將屠睢寫信給秦始皇上報說秦軍糧草已經不足，秦始皇被迫命令征調大量民工開鑿靈渠，溝通了湘江和漓江水系，確保了秦軍的糧草運輸。另外秦軍還有一個最大的敵人----- ----炎熱的氣候，秦軍士兵多為北方人，大部分都為現在陜西、山西、河南等地人，不適應南方炎熱的氣候，士兵中瘟疫橫行，直接影響了秦軍的戰斗力。

以西甌軍為主力的百越軍這時在新首領桀駿的率領下大致在公元前218年左右的時期對秦軍發起了反擊，秦軍大敗，根據《淮南子》記載，秦兵"伏尸流血數十萬"，而秦軍總指揮官屠睢也在現在的廣西桂林一帶被一支百越軍夜襲部隊擊斃，迫使秦軍"宿兵無用之地，進而不得退"，惶恐不可終日，以致"三年不解甲弛弩，使監祿無以轉餉"，雙方一直處于相持對抗的局面。而根據學術界討論，秦軍的陣亡在30萬人上下，剩下的20萬人全部退到兩廣的北部邊界一帶，但是百越軍的傷亡同樣十分慘重，也沒有力量繼續發動進攻，雙方形成了對峙局面，而且一對峙就是3、4年時間。

百越軍輸給大秦軍，是輸在了人口上。百越地區人口當時很少。

但是戰爭畢竟是殘酷的，且不說秦軍在三次戰爭中前后了損失了30多萬人馬，兩廣地區的老百姓也遭到慘重的損失，在歷史資料中記載秦軍在第二次戰爭后的部隊全部留在兩廣，這些秦人與當地人融合，成為了現在的兩廣老百姓祖先的一支。這留下的近30萬秦軍士兵為兩廣的開發做出了不可磨滅的印象。但是根據歷史學家考證，在秦末農民戰爭、楚漢戰爭期間，兩廣并不是戰場，此時的兩廣幾乎已經算是獨立出秦王朝，但是在《中國各朝人口》一書中卻記載著在秦末戰爭剛結束的時候，兩廣人口只有40多萬人，這里如果扣除那些留下的近30萬秦軍士兵，也就是說這時兩廣的原百越民族從秦甌戰爭前的50萬銳減到10萬人這樣，而這期間兩廣并沒有什么瘟疫流行的文獻資料，當然也不排除秦人在戰爭結束后還是不適應南方的氣候從而造成水土不服而人口下降，但我認為戰爭造成人口減少的原因應該是最主要的，在戰爭中，起碼有近40萬百越人或死或逃亡到東南亞。一直到漢武帝時期，已經在兩廣建立的南越國雖然說在建國初期有號稱“百萬帶甲”，但是根據歷史學家分析，南越國總人口最多的時候(大致是漢高祖以后的呂后當政時期)也不會超過80萬人，士兵最多也就在10萬人左右，“百萬帶甲”系為夸張而顯示國威的說法，在最后投降漢朝的時候，南越人口在冊投降的只有40多萬人，如果算上那些不在冊記錄內的人口估計也不會超過60萬人。

不管怎么樣，這次戰爭也促進了中華民族的融合，雖然民族的融合往往都要經過殘酷的戰爭，但秦軍帶來了先進的生產技術，為兩廣的開發和建設奠定了基礎。