門巴族有自己的語言，但沒有文字。過去，大多數地區門巴族使用藏文，解放以后，逐漸改用漢文。門巴族說兩種不同的語言。分布在錯那縣勒布區和墨脫縣德興區文浪鄉以及門達旺地區的門巴族，人數較多，語言使用較廣，講一種語言，他們自稱為門巴語;分布在墨脫縣境內和林芝縣東久區的門巴族，人數較少，講另一種語言，他們自稱為倉拉語。

這兩種語言各有自己的基本詞匯和語法構造，經過初步比較研究，它們與藏語比較接近，都是屬于漢藏語系藏緬語支。門巴族語言中的門巴語內部分歧不是很大，根據語音和詞匯的差異和語法的異同情況，可以劃分為南北兩個方言。南部方言主要分布在錯那縣勒布區和錯那縣以南的門達旺地區，人口多而集中，語言通行范圍較廣。北部方言主要分布在墨脫縣德興區文浪公社，人口雖少，但為聚居區，語言通行不廣。

以錯那縣勒布區麻瑪鄉的門巴語為代表的門巴語，其語音中包含聲母、韻母、聲調和語音的變化。其詞匯中大多數是單音節詞和由單音節詞素組成的復合詞，多音節的單純詞較少。此外，具體的名詞多，抽象的、概括性的名詞少。門巴語詞匯是很豐富的，門巴族人民在日常生活用語中，有些詞義分得非常細致。門巴語的詞，根據它的意義和語法功能，可以分為名詞、數詞、量詞、代詞、動詞、形容詞、副詞、連詞、助詞、嘆詞等十類。

門巴族語言中的倉拉語(也稱倉洛門巴語)，在語音、詞匯、語法各方面與藏語有不少共同之處，而有些詞則與獨龍語相同。倉洛門巴語有25個單輔音，它們都可以單獨做聲母。倉洛門巴語每個音節或讀高調，或讀低調，都有固定的音高。高調讀高平或高降皆可，低調讀低平而略升。倉洛門巴語除有高、低調外，還有輕聲，而且多音節詞在門巴語中有連續變調現象。

倉洛門巴語的詞匯有三個主要特點，即：單音語素多，同音詞多，藏語借助詞多。除了西藏的墨脫、林芝兩縣以外，倉洛門巴語也通行在(門)達旺地區南部提朗一帶和不丹王國的東部。從所見到材料來看，三處的門巴語差別不大，大體上可以聽懂。由于不丹東部門巴語的材料不多，所以一般是提朗和墨脫兩地的門巴語研究比較多。墨脫、提朗兩地的門巴語在詞匯上的差別很小，不同的詞不多。