由于苗族沒有本民族文字記載的醫籍，這同苗族社會歷史發展的各個時期很難確定一樣，苗族醫藥發展無明顯的分期。但苗醫發展史上確實存在一段較長的“巫醫合一”的時期，《說苑辨物》上所說的“苗父”屬于這種情況，《宋史?蠻夷列傳》載：“西南諸夷，漢(yangke)地，……，疾病無醫藥，但擊銅鼓、銅沙鑼以祀神。”苗族人民喜用銅鼓，用它祀鬼神以治病，是較早時期的情況。

我國漢族地區在春秋時期，巫與醫已經完全分離，但經濟科學文化落后的苗族，卻比較完全地保存了“巫醫合一”的特點。道光《鳳凰廳志?風俗篇》載：苗族民間“疾病延醫服藥之外，惟祈禱是務，父母病則延老者，十八人牲牢為請命于神，謂之打十保護。童子病則延巫為之解煞，名曰楊關。”這種“巫醫合一”的方式，用苗族的俗語來講，叫做“巫醫一家，神藥兩解”，到清代還很盛行，民國《劍河縣志》載：“民知尚稚，篤信鬼神，患病者不事醫藥治療，惟氣靈于巫祝，有跳神走陰諸名色”。

民國《興仁縣志》載：“黑苗巫曰密那，遇病延之，殺犬而禳，名曰打老魔。”上述記載很多，除方志外，清?田雯《黔書》載：“苗人……病不服藥，惟禱于鬼，謂巫為鬼師，鬼師乘以愚人”。清?梁雪繩《黔苗詞》中曰：“寨旁石巖屋湄邊，手攜力弩作嬉嬉，病來不解神農藥，殺犬屠牛事鬼師。”可見苗族醫藥中，巫師治療疾病并非個別現象，而是一個歷史現象。有的地方延續至今，呈現了十分復雜的情況。

苗族的巫師，在湘西稱“巴對雄”，在黔東南稱“相孬嘎”，在川滇黔交界區稱“篤能”，女巫又稱“迷婆”或“迷那”。苗族在歷史上由于苗巫文化的影響而篤信鬼神，日常生活中婚、喪、疾病、節日，都要請巫師主持祭祀儀式。許多村寨都有1～3名巫師、巫師必須熟習各種鬼神的名稱、性質和祭祀的方法，會背誦咒語。

人生病時，苗巫師對病人施行巫術，稱“過陰術”或“望鬼術”，有一套完整的方法。單純以巫術治病，除了有心理治療作用外，一般與醫學無關。但巫師是苗族早期社會的一種分工，他們又是本民族最早的知識分子，由于醫藥經驗的積累，有一部分巫師掌握了一些醫療技術，施行巫術的同時，還兼用草藥和其它方法治病，后來巫師由于社會地位的下降而衰落了，他們當中一部分人分化為職業苗醫，但在行醫過程中，程度不同地包含著巫術的內容和形式。

苗醫外治法還有很大一部分是起源于巫術，雖然它們已完全脫離了巫術的內容與形式，如苗醫的滾蛋療法，最早是巫師敲蛋占卜望鬼時，為加強其法術的神秘性，將煮熱的蛋滾動全身而形成。滾蛋療法在苗醫中廣為流傳。操作簡便，療效較好。更為獨特的是，苗醫應用滾蛋后蛋壁和蛋黃的顏色變化以診斷并預后疾病，這同巫師敲蛋占卜有著某種聯系，構成了苗醫的診法特點。其它如化水療法、踩鏵口療法等，也有類似情況。

另外，在臨床治療中，一些苗醫(或病人自己)主張神、藥結合，一方面用藥治療，一方面求神請祖。由于對許多疾病的發生無法解釋，對危重病的發展死亡無法理解，只好求助于鬼神而與巫“合作”，既彼此利用，又互相對峙，形成“巫醫一家、神藥兩解”的局面，據黔東南10個縣的調查統計，巫與醫并用的現象至今在某些局部地方仍然存在著。

“巫醫合一”是苗族醫學發展史中的一種特殊的歷史現象，是由于缺乏科學知識，社會發展緩慢而又極不平衡的歷史原因造成的，說明了苗族醫藥的形成過程，脫離巫術的不徹底性和復雜性。

但對“巫醫合一”情況應作具體的分析，不可一概而論，雖然巫術阻礙了醫學的發展，但并未吞噬醫學的精華，從而阻止醫學的破土而出，這是由于苗族醫藥扎根于山區的群眾之中，又有幾千年的實踐經驗作為基礎的緣故，不能以此作為否定苗族醫藥存在的理由。今天，由于苗族文化知識的提高，這種“巫醫一家”的狀況已逐步解體。