漢武帝統治時期吏法非常的嚴酷，加之漢武帝生性殘酷，因此在統治上也多用嚴刑懲罰犯錯之人。嚴刑拷打必多冤獄，就連司馬遷這樣的清官也沒能幸免。司馬遷之所以被處以宮刑，用今天的話說就是太耿直。當時李陵因為被單于圍困而導致彈盡糧絕，無奈之下只好投降匈奴，成為了戰俘。漢武帝為此大怒，墻頭草般的群臣也來不及繼續恭維李陵，轉而紛紛進言對李陵表示不恥。漢武帝問想聽太史令司馬遷的意見，司馬遷卻耿直地說，李陵向來是個勤謹奉上，寬仁待下，忠君愛國的好將士，怎么可能說投降就投降，他可能心里還想著，哪日能夠回歸朝廷，再為國盡忠。司馬遷說的違逆了漢武帝的意思，于是漢武帝就把司馬遷打入了鐵牢。

后來，漢武帝派公孫敖去匈奴接李陵，公孫敖無功而返，怕漢武帝怪罪，公孫敖誣告李陵正在匈奴練兵，要奉單于之命進攻長安。漢武帝信以為真，盛怒之下下令殺死了李陵一家妻兒老小，為李陵說話的司馬遷也因此受到了牽連，按律當斬。但是漢朝當時可以以宮刑代替死刑，司馬遷心中還有宏偉的理想，背上還有祖輩們的遺愿，因此司馬遷選擇了接受宮刑，保住了性命。也正是司馬遷這個選擇，后世才得以看見《史記》這部經典的巨著，司馬遷忍辱負重，承受了常人無法想象的痛苦，完成了這部著作，是中國人之幸。

因為司馬遷的出生日期不詳，所以在公元前99年，司馬遷被李陵投降匈奴事件出來的時候司馬遷被捕入獄，這個時候司馬遷是什么年紀也不清楚。但是在這之前司馬遷也是有過生育的。有兩個兒子和一個女兒，司馬遷的長子叫司馬臨，次子叫司馬觀，還有一個女兒，名字不可考證了。司馬遷為李陵仗義執言而受到牽連，所以司馬遷的兩個兒子為了躲避奸人的迫害，所以出逃并且都改了姓氏。長子司馬臨將“司”字加上了一筆，成為“同”，稱為同姓。而次子司馬觀則是將“馬”字加上兩點，變成“馮”，成為馮姓。

另外司馬遷的女兒后來嫁給了丞相楊敞，楊敞和司馬遷的女兒生有兩個兒子，長子楊忠、次子楊惲。楊惲從自己的母親手中得到了外祖所寫的《史記》，一開始就被這本書的內容給深深吸引住了，對此愛不釋手，逐字逐句地把這本書讀完了。之后又看了好幾遍，一讀這本書楊惲就會忍不住的流淚，為外祖父的厄運惋惜感嘆。到了漢宣帝的時期，楊惲被封為平通侯，當時朝政清明，楊惲就將這么著作拿了出來，獻給漢宣帝，這才讓《史記》多年之后重見天日。司馬遷遭受宮刑并不是在沒有生育之前的事情，所以在子嗣上司馬遷也算是沒有斷了司馬家的香火。但是司馬家族世代都是史官，司馬遷的兒子也再沒有子承父業繼續做史官了。司馬遷是中國古代最有成就的史學家之一，也是一位非常杰出的文學家、思想家，歷代都有許多文人墨客思想大家對司馬遷進行評價。

漢朝的另一位史學家，著有《漢書》的班固評價司馬遷說，司馬遷寫史是不虛美，不隱惡。這句話可以說是一語中的，司馬遷的“實錄”精神也成為后世許多史學家們記史寫史學習的榜樣。唐代的大文豪韓愈和柳宗元也都評價過司馬遷，韓愈非常推崇司馬遷的才華，而且司馬遷的《史記》也成為了韓愈寫詩創作的樣本。柳宗元則評價司馬遷說司馬遷說寫的文章渾然天成，滴水不漏，連多天一個字都不能。

宋元時期也有許多文學家對司馬遷的文章和文體有諸多的稱贊，南宋的史學家鄭樵評級《史記》說“六書之后，惟有此書”。明清時期，金圣嘆對小說和《史記》之間的聯系研究的非常透徹，認為“《水滸傳》方法即從《史記》出來”。梁啟超也說，“史界太祖，端推司馬遷”，梁啟超對《史記》的憑借非常之高，他認為史記的敘事能夠分清條理，而且思維縝密非常難得，并說“凡屬學人，必須一讀”。

到了現代也有許多文人和偉人對司馬遷和《史記》都給予了非常高的贊譽，魯迅先生評價《史記》是“史家之絕唱，無韻之離騷”。毛澤東主席也在自己的文章中引用司馬遷的話，以之作為勉勵，推廣到人民群眾中。歷朝歷代對司馬遷的贊譽都非常的高，可見司馬遷和《史記》確實是中華民族的文化瑰寶。