和同治帝一樣，光緒帝正當(dāng)盛年時(shí)卻突然死去，成為慈禧垂簾聽(tīng)政之下的第二個(gè)犧牲品，而且他的死與慈禧的死僅相差一天。因而，關(guān)于他的死因也就引起了世人的種種猜測(cè)。

第一種觀點(diǎn)認(rèn)為光緒是患重病而死。在廢立風(fēng)波中，光緒依舊做他的皇帝，但他的實(shí)權(quán)卻丟了，精神也備受打擊。光緒帝重重的顧慮極大地影響了他的健康。另外光緒帝自幼孱弱，脾胃素來(lái)虛弱。光緒雖貴為天子，卻連一個(gè)孤兒也不如。

據(jù)宮中太監(jiān)寇連材日記說(shuō)，當(dāng)時(shí)宮中人受各種限制，不能親近光緒。惟有西太后可以親近他，而她當(dāng)時(shí)驕奢淫逸，對(duì)光緒的生活根本不管。小皇帝每天有數(shù)十種菜，但菜皆不能入口。光緒要加菜，御膳房必先告知太后，慈禧必然責(zé)備他鋪張浪費(fèi)，不懂節(jié)儉，光緒只好從小挨餓。

光緒在這種情況下，很容易患上重病。《清德宗實(shí)錄》、《清史稿》、《光緒朝樂(lè)華錄》等都說(shuō)光緒久病體虛，至光緒三十四年病入膏肓，最后駕崩，但這些均為官方文件，可信度不一定高。

第二種說(shuō)法最為流行，說(shuō)是慈禧謀害了光緒帝。持這種觀點(diǎn)者認(rèn)為光緒雖然長(zhǎng)期被囚，保皇黨卻極依靠他。慈禧自己身體健康，能執(zhí)政時(shí)，百般折磨光緒。晚年，她力不從心了，便想害死他。當(dāng)時(shí)因擔(dān)任起居注官而能接近光緒的惲毓鼎，寫(xiě)了一部《崇陵存信錄》(又名《光緒外傳》)，記錄了光緒臨死前的狀況：光緒三十四年(公元1908年)秋忽然傳出病重消息，召京外名醫(yī)入宮診視。診脈時(shí)，光緒靜靜地把雙手置案上，自己寫(xiě)出病情。

入診者都說(shuō)光緒身體尚健。十月初十，逢慈禧萬(wàn)壽節(jié)(生日)，光緒出瀛臺(tái)，替太后祝壽，有人看見(jiàn)他為準(zhǔn)備跪拜而活動(dòng)筋骨。十九日，宮廷大亂，增加侍衛(wèi)，稽查出入，傳言光緒駕崩。次日，宮中恢復(fù)了寧?kù)o，午后，傳載灃監(jiān)國(guó)、溥儀入宮教養(yǎng)之命。二十一日，皇后入瀛臺(tái)探視，光緒早已氣絕身亡。太后聞此，僅嘆息幾聲。

在這則記錄里，惲毓鼎實(shí)際上暗示慈禧害死了光緒。而且，慈禧宣布光緒病重，和百日維新后廢立風(fēng)波之做法一樣。惲氏長(zhǎng)期任起居注官，他的話(huà)具有一定的可信度。

而曾在宮中擔(dān)任女官的德齡女士，則在《清宮二年記》等書(shū)中，明確地指明正是李蓮英下毒害死了光緒。

以上三種說(shuō)法都是言之鑿鑿，但是清宮太監(jiān)回憶錄《清宮瑣談》則說(shuō)光緒實(shí)則死于饑餓。據(jù)載，光緒本無(wú)大病，諸醫(yī)開(kāi)方皆以平和之劑為藥，然而，太監(jiān)們?cè)诠饩w死前已得到光緒駕崩的消息。當(dāng)時(shí)，在瀛臺(tái)侍疾者共六名，其中二人餓死，剩下幾人食不果腹，“因餓失血者又凡三人”。光緒死前，在床上召喚醫(yī)生周某，他兩眼瞪大，四次用手指口，周某知帝餓急，但實(shí)在是沒(méi)有吃的，就連他本人也三天未進(jìn)食了。后來(lái)，光緒便漸無(wú)聲息了。不久，醇親王入見(jiàn)，周報(bào)告說(shuō)皇上已去世，醇親王用鏡子試皇上氣息，確信其已死亡，于是匆匆而去。一會(huì)兒，皇后趕來(lái)探視，隨后便把皇上駕崩的消息公之于世。

在這幾種說(shuō)法里，究竟哪種說(shuō)法的可信度更高一些，讓人難以取舍。光緒帝之死與同治帝之死一樣，成為清宮內(nèi)又一未解之謎。