過去民間關于朱元璋的死亡時間，有各種說法，一是洪武三十一年(1398年)閏五月初十，一說是閏五月初五，一說是閏五月十七日等。但《明史·太祖本紀》上面對朱元璋死亡時間的記載還是相當清楚的，“閏月癸未，帝疾大漸。乙酉，崩于西宮，年七十有一。”對照一下萬年歷，“乙酉”，即是1398年閏五月初十，這個記載應該是最權威的。

確實，如果根據史書的記載，堂堂一位開國之君，死后幾天即下葬了，那么多分封在外地的王子都沒有趕回來啊！這正常么？所以，朱棣在聽說侄兒把他老子匆匆埋了后，十分惱火。談遷的《國榷》記載，“燕王入臨，將至淮安”，以為父親奔喪為名，要找朱允炆討說法，這為以后篡位找到了第一理由。《明皇大政記》記載，“故燕王移檄，亦有此句，且指以為罪。則葬之的據甚明。”

朱允炆到底是哪一天把朱元璋歸葬孝陵的，說法也有多種。現在史學界大多認為，朱允炆確實是“速葬”了朱元璋。那朱允炆為什么敢冒天下之大不韙？有史書上稱，這是朱元璋自己選擇的時間，“故即位而葬，同日并舉，皆高皇遺命，正以速葬消諸。”而秘史更稱，朱允炆實際上在即位的前一天，即閏五月十五日把朱元璋給下葬了。這是“領命于地下”。這里說明朱元璋擔心自己死后出亂子，留下遺言要朱允炆從速辦自己喪事的。

朱允炆為什么要這樣，除了“遵旨”，還有原因嗎？急于即位？《皇明大政記》稱，“并初虞致祭，不啻數壇，尚稱皇太孫。寧有大葬無嗣皇帝主祭之理？”這里說的很明了了，也有道理，就是朱元璋剛死時，為他辦事的朱允炆身份還是皇孫，這與禮制不符，老皇帝死了，怎么能沒有新皇帝繼位？國不可一日無君啊。

而從天氣的角度考慮，速葬朱元璋也不無道理。南京素有“火爐”之稱，閏五月時已是夏天了，很熱了。不早早埋了，還想發臭？那決定下葬后又發生了什么？這同樣是一個謎團。在南京民間，連小孩子都知道這樣的傳說，朱元璋下葬那天出現了“迷魂陣”，就是南京的十三個城門同時出殯。此說法史書有記載，朱國楨的《皇明大政記》稱，朱元璋下葬那天“而發引，各門下葬”。為什么要這樣？在民間，有錢的大戶人家，為了干擾視聽，防止有人盜墓，有意隱藏先人埋葬地點，而一個皇帝如此這般，實在令人不解。

在元朝，帝王無陵寢，搞搞迷魂陣倒是很合乎情理，既然朱元璋生前都為自己的歸宿找好了地方，選擇紫金山陽的地塊筑陵，誰不知道他葬在那里？有必要擺迷魂陣，大造假象嗎？原來，在葬后不久即傳出，朱元璋不是葬在孝陵，而獨葬朝天宮。就是今天南京王府大街向南千米右手旁邊的朝天宮，具體地點是“世傳三清殿下為明祖真葬處”。

在前人的文字中同樣可以找出這方面的記載，清代浙東學派代表人物全祖望的《從朝天宮謁孝陵》稱，“鐘阜衣冠是與非，朝天弓劍更傳疑。難尋玉匣珠襦地，但見神功圣德碑。開國諒無慚漢祖，嗣孫底是學曹丕。當年可笑山陵使，亂命何人為弼違(自注云：世傳高皇帝龍蛻在是宮，不在陵也)。”這里說的很清楚了，明孝陵僅是朱元璋的衣冠冢，而真正陰間“睡覺”的地方在“宮”(朝天宮)。民間還有一個說法，來驗明這個觀點。據說當年孝陵內每到夜里就傳出一個婦人的哭聲，原來這是馬皇后的哭聲，后來大搞法事才沒有了哭聲。馬皇后為什么要哭？說是一人空守一座孤墳，悲傷所致啊，“后來孝陵傳夜哭，應緣馬后悲孤獨”，即是這個說法。