元朝時(shí)，土族地區(qū)歸元廷封授的土官管轄。明朝統(tǒng)治者繼承元朝“封土司民”的政策，對(duì)他們“待之以禮、授之以官”，命其 “各統(tǒng)其部落，以聽征調(diào)、守衛(wèi)、朝貢、保塞之令”(《明史·職官志》)。

清滅明后，土族地區(qū)的各土司先后率部歸附于清朝，清承明制，發(fā)給其號(hào)紙印敕，準(zhǔn)其照舊承襲，是為土司。清順治十二年(1655年)，又授予東李土司李化龍之弟李化鰲世襲百戶之職，是為小李土司。據(jù)清代部分史志記載，清代甘、青土族地區(qū)的土司共有十八家之多，其中青海土族地區(qū)十六家，即：東祁土司、西祁土司、東李土司、西李土司、吉土司、納土司、陳土司、趙土司、辛土司、阿土司、冶土司、甘土司、朱土司、喇土司、汪土司、小李土司(李南哥后代)。甘肅卓尼勺哇土族原共有三大部落，藏文史籍中稱為勺哇三族。明、清至解放前夕，勺哇土族屬楊土司管轄，為上治三旗的勺哇旗，由力吾、拉代、的力、匯十那、薩迪、拉叭等七族組成。

清代自雍正、乾隆以后，土司權(quán)威有所削弱。到了清末，土司已處在名存實(shí)亡的境地。明、清時(shí)期，藏傳佛教格魯派傳入土族地區(qū)后，青海互助土族地區(qū)出現(xiàn)了一種與封建土司制度并存的土官制度，這是西藏地方政教合一制度在青海互助土族地區(qū)的延續(xù)和發(fā)展。

明、清時(shí)期，土族的經(jīng)濟(jì)、生產(chǎn)有了較快的發(fā)展。土族已從一個(gè)主要從事畜牧經(jīng)濟(jì)的民族，發(fā)展成了一個(gè)以農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)為主，兼營(yíng)畜牧業(yè)、手工業(yè)的民族。由于河湟一帶原有的農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)較好，加之中原先進(jìn)耕作技術(shù)的不斷傳入，促進(jìn)了該地區(qū)土族農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)及與之相伴隨的手工業(yè)(如釀酒、紡織等)的發(fā)展。明、清時(shí)期是土族社會(huì)發(fā)展史上的一個(gè)重要時(shí)期，為以后土族社會(huì)的進(jìn)一步發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。

辛亥革命以后，隨著甘、青地區(qū)馬家軍閥勢(shì)力的不斷擴(kuò)大和發(fā)展，除一少部分土族仍歸封建土司統(tǒng)治外，大部分土族則由馬家軍閥所控制。

1929年元月，青海建省。1930年，青海土族聚居的民和、互助、門源等地相繼設(shè)縣，該地區(qū)的土族始?xì)w由縣府管理。1931年8月，南京國(guó)民政府下令廢除土司制度(互助土族地區(qū)政教合一的土官制度已于1930年廢除)。這樣，延續(xù)300余年的土官制度被徹底廢除。

1938年，土族各村編組實(shí)行保甲制度。當(dāng)時(shí)充任區(qū)長(zhǎng)、保長(zhǎng)、甲長(zhǎng)者，仍以舊時(shí)的土司、土官或具有權(quán)勢(shì)的上層分子占絕大多數(shù)。這一時(shí)期，由于馬家軍閥實(shí)行民族壓迫和歧視政策，迫使土族人民或隱瞞自己的民族身份，或流落他鄉(xiāng)，土族人口因此銳減。此外，自明、清以來，藏傳佛教格魯派在土族地區(qū)的廣泛傳播和發(fā)展，土族群眾篤信佛教，多送子弟入寺為僧，這也影響了土族人口的正常增長(zhǎng)。據(jù)有關(guān)調(diào)查顯示，1930年以前，青海土族地區(qū)各土司所轄人口僅38，000余人。1933年，青海土族僅有30，000余人，其中互助縣約1，000余戶、近7，000人，民和縣約2，000余戶、10，000余人，樂都縣312戶、6，300人，大通縣約5，000余人，共和縣24戶、89人(丘向魯《青海各民族移入的溯源及其分布之現(xiàn)狀》，載《新亞細(xì)亞》1933年5卷3期)。到1949年，互助、民和、天祝、大通等地的土族共有4萬人左右。

為擺脫馬家軍閥統(tǒng)治，土族人民進(jìn)行了不屈不撓的斗爭(zhēng)。1945年，一些土族士兵參加了反抗馬步芳統(tǒng)治的樂家灣兵變。

1949年9月5日，中國(guó)人民解放軍解放了西寧市，統(tǒng)治青海各族人民近40年的馬家軍閥政權(quán)徹底覆滅。

1954年2月17日，經(jīng)中華人民共和國(guó)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，成立了土族地區(qū)第一個(gè)自治政權(quán)——互助土族自治區(qū)。1955年，改為互助土族自治縣。1985年11月6日，根據(jù)青海土族人民的居住特點(diǎn)，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷了青海省民和縣建制，設(shè)立了民和回族土族自治縣;撤銷了青海省大通縣建制，設(shè)立了大通回族土族自治縣。至此，實(shí)現(xiàn)區(qū)域自治的土族人民約占總?cè)丝诘?1%左右。另外，在一些土族居住比較集中，但人口少的地區(qū)也設(shè)立了土族鄉(xiāng)