東巴經最早用原始旬形文字書寫，后出現東巴文和格巴文混寫以及用格巴文書寫的東巴經書。

東巴經的外觀形式主要有兩種。一種是橫寬縱短，比例約為三比一，在經書的左端用線縫訂，從右往左翻頁書寫。另一種也是橫寬縱短，但比例不一，且都在經典橫寬的上端用線縫訂，從下往上翻頁書寫。

東巴經的封面，分橫本橫書和直本直書兩種。橫本橫書是把長條形的經書橫放，在橫條封面的正中，打出長方形圖框，在圖框上端正中，畫一個“八寶”圖案，兩邊畫巾簾飾圖至圖框兩邊。圖框里面，左邊畫一個祭司坐(站)像，口中出氣，以示誦經;右邊書寫經典所屬儀式和具體經書名稱。圖框和圖案外的兩邊，用紅、綠紙裝璜裝幀，襯出封面書寫內容。直本橫書是把長條形經書放成直條，使裝訂線一端在下。在封頁中間處攔腰打出兩條橫線成一長方形圖框。在圖框上端及下端各畫一個“八寶”圖案作裝飾。在圖框內從左到右書寫經典所屬儀式和具體經書名稱。

里頁用尺子畫長條橫線分行(除木牌畫稿等特殊經書外)，一般分三行或四行，上別的有分六行或十行的。要從上行的頂格起頭，從左到右書寫經文，一般說完一句或一段話，要用豎線隔開，又繼續朝左書寫。定完正面后，翻頁書寫背面。用東巴文書寫的經文，不是一字一音的語言記錄，而是一種書寫極疏散的塊狀語言文字，即一種提醒式省略速寫的文字記錄。經文中的一個字，有時讀一個音表示一個詞，有時讀幾個音表示幾個詞，有時讀幾個音表示一句話或一段話。用格巴文加注音的東巴文、格巴文混寫本，增加了記錄語言的密度。清末至民國，才出現了少數用東巴文或格巴文一字一音記錄的東巴經典。

在古代，東巴經都屬于東巴祭司家庭和個人所有。一般要把同類經書放在一起，幾本或幾十本疊放一打，用兩塊比經書稍寬大的木板從上下兩邊夾住經書，再用麻繩捆好，放在神龕里。經書使用日久損壞，便用新經書紙抄寫代之。

自19世紀至20世紀上半葉，英、法、俄、美等國傳教士和人文與自然科學考察者，先后從麗江搜集并帶走大量的有關東巴文化的文物，收藏在以上這些國家，其中收藏較多的為美國國會圖書館、美國哈佛圖書館、德國國家圖書館。國內學者于20世紀30年代開始重視收集有關東巴文化的文物。其中所收集的東巴經書主要收藏在臺灣、南京、北京、昆明、麗江等地的圖書館、博物館和研究單位內。目前，已知不雷同的東巴經書一千多種，藏書共2.5萬余冊，其中國外藏書有1萬余冊，國內藏書1.5萬余冊。