關(guān)于維吾爾族的族源，說法不一。維吾爾民族人按自己的發(fā)展史記載。本民族與突厥族同出與匈奴民族，是匈奴族的單于的兩個(gè)王子發(fā)生爭(zhēng)斗分裂，帶領(lǐng)自己的部下逐漸形成了突厥和回鶻兩個(gè)不同的民族，回鶻就是維族的先民，所以維吾爾語與其他的突厥族語言基本相同，只是發(fā)音上有所區(qū)別。包括遠(yuǎn)在小亞細(xì)亞的已經(jīng)與當(dāng)?shù)孛褡迦诤虾芫玫耐炼湔Z都和維吾爾語基本相同，維吾爾族人到土耳其一個(gè)月就可以完全學(xué)會(huì)土耳其語和阿塞拜疆語，他們聽這兩種語言與聽哈薩克等民族語言沒有什么區(qū)別，就像是在聽方言。而許多民族學(xué)家錯(cuò)誤的認(rèn)為其先民是可追溯至公元前3世紀(jì)北方游牧民族丁零以迄鐵勒。

在中國(guó)不同歷史時(shí)期的漢文文獻(xiàn)中對(duì)“維吾爾”這個(gè)族名有不同的譯寫。4世紀(jì)寫作“袁經(jīng)”，6世紀(jì)末、7世紀(jì)初寫作“韋紇”，788年以前寫作“回紇”，788年以后至13世紀(jì)70年代改寫為“回鶻”，13世紀(jì)70年代至17世紀(jì)40年代寫作“畏兀兒”，17世紀(jì)40年代到20世紀(jì)初則稱“回部”或“纏回”等。還有人認(rèn)為其族源可追溯至公元前3世紀(jì)的“呼揭”、“烏揭”，甚至遠(yuǎn)古塔里木盆地的原始土著民族。

唐天寶三年(744年)回紇消滅突厥汗國(guó)，居住在鄂爾渾河和色楞格河沿岸的回紇人建立了回紇汗國(guó)，其統(tǒng)轄范圍包括貝加爾湖西南、葉尼塞河上游、阿爾泰山西南、天山以北、興安嶺以東等廣大地區(qū)，后曾占領(lǐng)過天山以南部分地區(qū)、七河流域、真珠河(今錫爾河)、撥賀那(今費(fèi)爾干納)等地，與唐朝長(zhǎng)期友好，曾兩次派兵助唐平定安史之亂并與唐多次和親。唐文宗開成五年(840年)，回鶻汗國(guó)破滅，回鶻部眾除一小部分留在原居住地外，絕大部分被迫進(jìn)行大遷徙。

分南下與西遷，南下主要分為二支，其中一支奔向河西走廊，與早在武則天時(shí)南渡大漠而徙居于河西的回紇部眾聚合。建牙帳于甘州(今甘肅張掖)，被稱為甘州回鶻或河西回鶻。

咸通二年(872年)在甘州自立可汗，11世紀(jì)上半葉為西夏擊敗，后又為蒙古所統(tǒng)治。他們長(zhǎng)期繁衍生息，今甘肅省的裕固族，這一支回鶻人的后裔。另一支回鶻部眾來到天山以北，以西州(即高昌，今吐魯番盆地)為中心建立起高昌回鶻政權(quán)，史稱西州回鶻或高昌回鶻。